diff --git a/doc/cpptraj.lyx b/doc/cpptraj.lyx index 34c535d1ae..e884bb37a7 100644 --- a/doc/cpptraj.lyx +++ b/doc/cpptraj.lyx @@ -12521,7 +12521,7 @@ parm \end_layout \begin_layout LyX-Code - }] + }] [nomolsearch] [renumresidues] \end_layout \begin_deeper @@ -12560,16 +12560,6 @@ reference "subsec:Parameter/Reference-Tagging" \begin_layout Description -\series bold -[nobondsearch] -\series default - Optional; if specified do not search for bonds via geometry if Topology - does not include bond information. - May cause some Actions to fail. -\end_layout - -\begin_layout Description - \series bold [bondsearch ] \series default @@ -12601,6 +12591,34 @@ pairlist Uses a pair list to search for bonds between atoms. \end_layout \end_deeper +\begin_layout Standard + +\series bold +Advanced Options - Not recommended for general use +\end_layout + +\begin_layout Description + +\series bold +[nobondsearch] +\series default + If specified do not search for bonds via geometry if Topology does not + include bond information. + May cause some Actions to fail. +\end_layout + +\begin_layout Description +[nomolsearch] If specified do not search for molecule information. + May cause some Actions to fail. +\end_layout + +\begin_layout Description +[renumresidues] If specified, ensure that any residue cannot be part of + more than 1 molecule (can occur with e.g. + alternate sites). + Residues will be renumbered according to molecule information in that case. +\end_layout + \end_deeper \begin_layout Standard Read in parameter file. diff --git a/src/AtomExtra.h b/src/AtomExtra.h deleted file mode 100644 index da6d578ebd..0000000000 --- a/src/AtomExtra.h +++ /dev/null @@ -1,32 +0,0 @@ -#ifndef INC_ATOMEXTRA_H -#define INC_ATOMEXTRA_H -#include "NameType.h" -/// Hold extra atom info. -class AtomExtra { - public: - AtomExtra() : join_(0), irotat_(0), atom_altloc_(' '), occupancy_(1.0), bfactor_(0.0) {} - AtomExtra(float oc, float bf, char al) : - join_(0), irotat_(0), atom_altloc_(al), occupancy_(oc), bfactor_(bf) {} - AtomExtra(NameType const& it, int jo, int ir, char al) : - itree_(it), join_(jo), irotat_(ir), atom_altloc_(al), occupancy_(1.0), bfactor_(0.0) {} - NameType const& Itree() const { return itree_; } - int Join() const { return join_; } - int Irotat() const { return irotat_; } - char AtomAltLoc() const { return atom_altloc_; } - float Occupancy() const { return occupancy_; } - float Bfactor() const { return bfactor_; } - void SetAltLoc(char c) { atom_altloc_ = c; } - void SetItree(NameType const& t) { itree_ = t; } - void SetJoin(int j) { join_ = j; } - void SetIrotat(int i) { irotat_ = i; } - private: - // Amber extra info. - NameType itree_; - int join_; - int irotat_; - // PDB extra info. - char atom_altloc_; ///< Alternate location indicator. - float occupancy_; ///< Atom occupancy. - float bfactor_; ///< Atom B-factor. -}; -#endif diff --git a/src/BondSearch.cpp b/src/BondSearch.cpp index b3256969e1..5ca4c7e302 100644 --- a/src/BondSearch.cpp +++ b/src/BondSearch.cpp @@ -44,7 +44,7 @@ Box CreateBoundingBox(Frame const& frameIn) { /** Add bonds within residues to top using coords in frameIn. */ void BondsWithinResidues(Topology& top, Frame const& frameIn, double offset) { // ----- STEP 1: Determine bonds within residues - std::vector const& Extra = top.Extra(); + std::vector const& AtomAltLoc = top.AtomAltLoc(); for (Topology::res_iterator res = top.ResStart(); res != top.ResEnd(); ++res) { int stopatom = res->LastAtom(); @@ -55,15 +55,15 @@ void BondsWithinResidues(Topology& top, Frame const& frameIn, double offset) { if (a1Elt==Atom::HYDROGEN && top[atom1].Nbonds() > 0 ) continue; // Determine if atom1 has an alternate location - bool hasAltLoc1 = (!Extra.empty() && Extra[atom1].AtomAltLoc() != ' '); + bool hasAltLoc1 = (!AtomAltLoc.empty() && AtomAltLoc[atom1] != ' '); // Loop over all other atoms in the residue for (int atom2 = atom1 + 1; atom2 != stopatom; ++atom2) { // Determine if atom2 has an alternate location. Only matters if // atom1 has an alternate location. - if (hasAltLoc1 && Extra[atom2].AtomAltLoc() != ' ') { + if (hasAltLoc1 && AtomAltLoc[atom2] != ' ') { // If alternate location info present for both atoms, make sure the // location IDs match. - if (Extra[atom1].AtomAltLoc() != Extra[atom2].AtomAltLoc()) continue; + if (AtomAltLoc[atom1] != AtomAltLoc[atom2]) continue; } Atom::AtomicElementType a2Elt = top[atom2].Element(); double D2 = DIST2_NoImage(frameIn.XYZ(atom1), frameIn.XYZ(atom2) ); diff --git a/src/Exec_AddMissingRes.cpp b/src/Exec_AddMissingRes.cpp index 37c9f84ac5..ae0cc85fe5 100644 --- a/src/Exec_AddMissingRes.cpp +++ b/src/Exec_AddMissingRes.cpp @@ -765,7 +765,7 @@ const mprintf("DEBUG: LJ radius= %g\n", CAtop.GetVDWradius(0)); // Final setup CAtop.SetParmName("caseq", "seq.ca.mol2"); - CAtop.CommonSetup(true, 2); // molecule search, exclude bonds + CAtop.CommonSetup(true, 2, false); // molecule search, exclude bonds, do not renumber residues CAtop.Summary(); // Write CA top @@ -964,7 +964,7 @@ const // Finish new top //newTop.SetParmName("seqpdb", "seq.pdb"); newTop.SetParmName("seqmol2", "seq.mol2"); - newTop.CommonSetup( false ); // No molecule search + newTop.CommonSetup( false, false ); // No molecule search, no renumbering residues newTop.Summary(); // DEBUG print new topology mprintf("New topology:\n"); @@ -1213,7 +1213,7 @@ const originalAtToNew[bnd->A2()] ); // Finish new top and write newTop.SetParmName("newpdb", "temp.pdb"); - newTop.CommonSetup( false ); // No molecule search + newTop.CommonSetup( false, false ); // No molecule search, no renumbering residues newTop.Summary(); if (WriteStructure("temp.pdb", &newTop, newFrame, TrajectoryFile::PDBFILE)) { mprinterr("Error: Write of temp.pdb failed.\n"); @@ -1260,7 +1260,7 @@ const mprintf("DEBUG: LJ radius= %g\n", CAtop.GetVDWradius(0)); // Final setup CAtop.SetParmName("capdb", "temp.ca.mol2"); - CAtop.CommonSetup(true, 2); // molecule search, exclude bonds + CAtop.CommonSetup(true, 2, false); // molecule search, exclude bonds, no renumbering residues CAtop.Summary(); // Write CA top diff --git a/src/Exec_Top.cpp b/src/Exec_Top.cpp index 598aa92299..10f3551fdd 100644 --- a/src/Exec_Top.cpp +++ b/src/Exec_Top.cpp @@ -1,20 +1,12 @@ #include "Exec_Top.h" #include "CpptrajStdio.h" #include "TopInfo.h" +#include "ParmFile.h" void Exec_LoadParm::Help() const { - mprintf("\t [{[TAG] | name }]\n" - "\t [{ nobondsearch |\n" - "\t [bondsearch ] [searchtype {grid|pairlist}]\n" - "\t }]\n" - " Add to the topology list.\n" - " For topologies that may not have bond information, 'bondsearch '\n" - " controls the offset that will be added to atom-atom distances when\n" - " searching for bonds (default 0.2 Ang), and 'searchtype' specifies\n" - " different algorithms that can be used for searching bonds (still\n" - " experimental. Bond searching can be skipped via 'nobondsearch' (not\n" - " recommended).\n" - " Use 'help Formats parm' for format-specific options.\n"); + mprintf("\t [{[TAG] | name }]\n%s", ParmFile::ReadTopologyKeywords()); + mprintf(" Add to the topology list.\n%s", ParmFile::ReadTopologyHelp()); + mprintf(" Use 'help Formats parm' for format-specific options.\n"); } // ----------------------------------------------------------------------------- void Exec_ParmInfo::Help() const { diff --git a/src/ParmFile.cpp b/src/ParmFile.cpp index e17b95b760..b2a6199a67 100644 --- a/src/ParmFile.cpp +++ b/src/ParmFile.cpp @@ -78,6 +78,29 @@ int ParmFile::ReadTopology(Topology& t, FileName const& n, int d) { return ReadTopology(t, n, ArgList(), d); } +/** Keywords for ReadTopology() */ +const char* ParmFile::ReadTopologyKeywords() { + return + "\t [{ nobondsearch |\n" + "\t [bondsearch ] [searchtype {grid|pairlist}]\n" + "\t }] [nomolsearch] [renumresidues]\n"; +} + +/** More detailed help for ReadTopology() */ +const char* ParmFile::ReadTopologyHelp() { + return + " For topologies that may not have bond information, 'bondsearch '\n" + " controls the offset that will be added to atom-atom distances when\n" + " searching for bonds (default 0.2 Ang), and 'searchtype' specifies\n" + " alternative (and still experimental) algorithms that can be used in\n" + " place of the usual bond search algorithm.\n" + " ** ADVANCED OPTIONS - NOT RECOMMENDED FOR GENERAL USE. **\n" + " The 'nobondsearch' keyword can be specified to skip searching for bonds.\n" + " The 'nomolsearch' keyword can be specified to skip molecule determintation via bonds.\n" + " The 'renumresidues' keyword can be specified to ensure that any residue cannot\n" + " be part of more than 1 molecule (can occur with e.g. alternate sites).\n"; +} + // ParmFile::ReadTopology() int ParmFile::ReadTopology(Topology& Top, FileName const& fnameIn, ArgList const& argListIn, int debugIn) @@ -116,8 +139,12 @@ int ParmFile::ReadTopology(Topology& Top, FileName const& fnameIn, } double bondoffset = argIn.getKeyDouble("bondsearch", -1.0); bool molsearch = !argIn.hasKey("nomolsearch"); + bool renumberResidues = argIn.hasKey("renumresidues"); if (!molsearch) mprintf("\tDisabling molecule search. Topology will have no molecule info.\n"); + if (renumberResidues) + mprintf("\tIf any residue corresponds to more than 1 molecule, residues will be renumbered\n" + "\t according to molecule information.\n"); // Only force bond search when 'bondsearch' is specified. // bool bondsearch = false; // if (argIn.Contains("bondsearch")) { @@ -148,7 +175,7 @@ int ParmFile::ReadTopology(Topology& Top, FileName const& fnameIn, int err = parmio->ReadParm( parmName_.Full(), Top); // Perform setup common to all parm files. if (err == 0) - err = Top.CommonSetup( molsearch ); + err = Top.CommonSetup( molsearch, renumberResidues ); else mprinterr("Error reading topology file '%s'\n", parmName_.full()); delete parmio; diff --git a/src/ParmFile.h b/src/ParmFile.h index cdb7d22f78..2b09704e79 100644 --- a/src/ParmFile.h +++ b/src/ParmFile.h @@ -23,6 +23,10 @@ class ParmFile { static void WriteOptions(std::string const& fkey){ FileTypes::Options(PF_WriteKeyArray,PF_AllocArray,UNKNOWN_PARM,fkey,FileTypes::WRITEOPT);} /// CONSTRUCTOR ParmFile(); + /// ReadTopology() keywords + static const char* ReadTopologyKeywords(); + /// ReadTopology() help + static const char* ReadTopologyHelp(); /// Read topology file with optional arguments and debug level int ReadTopology(Topology&, FileName const&, ArgList const&,int); /// Read topology file diff --git a/src/Parm_Amber.cpp b/src/Parm_Amber.cpp index 2c693ac629..f02fb88248 100644 --- a/src/Parm_Amber.cpp +++ b/src/Parm_Amber.cpp @@ -59,7 +59,7 @@ static const char* F5E16 = "%FORMAT(5E16.8)"; static const char* F3I8 = "%FORMAT(3I8)"; static const char* F1a80 = "%FORMAT(1a80)"; static const char* F1I8 = "%FORMAT(1I8)"; -/// Constant strings for Amber parm flags and fortran formats. +/// Constant strings for Amber parm flags and fortran formats. Enumerated by FlagType const Parm_Amber::ParmFlag Parm_Amber::FLAGS_[] = { { "POINTERS", F10I8 }, ///< Described above in topValues { "ATOM_NAME", F20a4 }, ///< Atom names @@ -132,14 +132,18 @@ const Parm_Amber::ParmFlag Parm_Amber::FLAGS_[] = { { "CHARMM_CMAP_INDEX", "%FORMAT(6I8)" }, // Atom i,j,k,l,m of cross term and idx { "FORCE_FIELD_TYPE", "%FORMAT(i2,a78)"},// NOTE: Cannot use with SetFortranType // PDB extra info - { "RESIDUE_NUMBER", "%FORMAT(20I4)" }, // PDB residue number - { "RESIDUE_CHAINID", F20a4 }, // PDB chain ID - { "RESIDUE_ICODE", F20a4 }, // PDB residue insertion code - { "ATOM_ALTLOC", F20a4 }, // PDB atom alt location indicator FIXME: format is guess - { "CMAP_COUNT", "%FORMAT(2I8)" }, // # CMAP terms, # unique CMAP params - { "CMAP_RESOLUTION", "%FORMAT(20I4)"}, // # steps along each Phi/Psi CMAP axis + { "RESIDUE_NUMBER", "%FORMAT(20I4)" }, // PDB residue number + { "RESIDUE_CHAINID", F20a4 }, // PDB chain ID + { "RESIDUE_ICODE", F20a4 }, // PDB residue insertion code + { "ATOM_ALTLOC", F20a4 }, // PDB atom alt location indicator FIXME: format is guess + { "ATOM_BFACTOR", "%FORMAT(10F8.2)"}, // PDB atom B-factors + { "ATOM_OCCUPANCY", "%FORMAT(10F8.2)"}, // PDB atom occupancies + { "ATOM_NUMBER", F10I8}, // PDB original atom serial #s + // CHARMM CMAP + { "CMAP_COUNT", "%FORMAT(2I8)" }, // # CMAP terms, # unique CMAP params + { "CMAP_RESOLUTION", "%FORMAT(20I4)"}, // # steps along each Phi/Psi CMAP axis { "CMAP_PARAMETER_", "%FORMAT(8(F9.5))"}, // CMAP grid - { "CMAP_INDEX", "%FORMAT(6I8)" }, // Atom i,j,k,l,m of cross term and idx + { "CMAP_INDEX", "%FORMAT(6I8)" }, // Atom i,j,k,l,m of cross term and idx { 0, 0 } }; @@ -467,6 +471,9 @@ int Parm_Amber::ReadNewParm(Topology& TopIn) { case F_PDB_CHAIN: err = ReadPdbChainID(TopIn, FMT); break; case F_PDB_ICODE: err = ReadPdbIcode(TopIn, FMT); break; case F_PDB_ALT: err = ReadPdbAlt(TopIn, FMT); break; + case F_PDB_BFAC: err = ReadPdbBfactor(TopIn, FMT); break; + case F_PDB_OCC: err = ReadPdbOccupancy(TopIn, FMT); break; + case F_PDB_NUM: err = ReadPdbNumbers(TopIn, FMT); break; // CHAMBER case F_FF_TYPE: err = ReadChamberFFtype(TopIn, FMT); break; case F_CHM_UBC: err = ReadChamberUBCount(TopIn, FMT); break; @@ -649,7 +656,7 @@ int Parm_Amber::ReadPointers(int Npointers, Topology& TopIn, FortranData const& for (Iarray::const_iterator it = values_.begin(); it != values_.end(); ++it) mprintf("%li\t%i\n", it-values_.begin(), *it); } - TopIn.Resize( Topology::Pointers(values_[NATOM], values_[NRES], values_[NATOM], + TopIn.Resize( Topology::Pointers(values_[NATOM], values_[NRES], values_[NUMBND], values_[NUMANG], values_[NPTRA]) ); if (values_[IFPERT] > 0) @@ -995,25 +1002,28 @@ int Parm_Amber::ReadAtomTypes(Topology& TopIn, FortranData const& FMT) { // Parm_Amber::ReadItree() int Parm_Amber::ReadItree(Topology& TopIn, FortranData const& FMT) { + TopIn.AllocTreeChainClassification(); if (SetupBuffer(F_ITREE, values_[NATOM], FMT)) return 1; for (int idx = 0; idx != values_[NATOM]; idx++) - TopIn.SetExtraAtomInfo(idx).SetItree( NameType(file_.NextElement()) ); + TopIn.SetTreeChainClassification(idx, file_.NextElement()); return 0; } // Parm_Amber::ReadJoin() int Parm_Amber::ReadJoin(Topology& TopIn, FortranData const& FMT) { + TopIn.AllocJoinArray(); if (SetupBuffer(F_JOIN, values_[NATOM], FMT)) return 1; for (int idx = 0; idx != values_[NATOM]; idx++) - TopIn.SetExtraAtomInfo(idx).SetJoin( atoi(file_.NextElement()) ); + TopIn.SetJoinArray(idx, atoi(file_.NextElement()) ); return 0; } // Parm_Amber::ReadIrotat() int Parm_Amber::ReadIrotat(Topology& TopIn, FortranData const& FMT) { + TopIn.AllocRotateArray(); if (SetupBuffer(F_IROTAT, values_[NATOM], FMT)) return 1; for (int idx = 0; idx != values_[NATOM]; idx++) - TopIn.SetExtraAtomInfo(idx).SetIrotat( atoi(file_.NextElement()) ); + TopIn.SetRotateArray(idx, atoi(file_.NextElement()) ); return 0; } @@ -1107,9 +1117,34 @@ int Parm_Amber::ReadPdbIcode(Topology& TopIn, FortranData const& FMT) { } int Parm_Amber::ReadPdbAlt(Topology& TopIn, FortranData const& FMT) { + TopIn.AllocAtomAltLoc(); if (SetupBuffer(F_PDB_ALT, values_[NATOM], FMT)) return 1; for (int idx = 0; idx != values_[NATOM]; idx++) - TopIn.SetExtraAtomInfo(idx).SetAltLoc( *(file_.NextElement()) ); + TopIn.SetAtomAltLoc(idx, *(file_.NextElement()) ); + return 0; +} + +int Parm_Amber::ReadPdbBfactor(Topology& TopIn, FortranData const& FMT) { + TopIn.AllocBfactor(); + if (SetupBuffer(F_PDB_BFAC, values_[NATOM], FMT)) return 1; + for (int idx = 0; idx != values_[NATOM]; idx++) + TopIn.SetBfactor(idx, atof(file_.NextElement()) ); + return 0; +} + +int Parm_Amber::ReadPdbOccupancy(Topology& TopIn, FortranData const& FMT) { + TopIn.AllocOccupancy(); + if (SetupBuffer(F_PDB_OCC, values_[NATOM], FMT)) return 1; + for (int idx = 0; idx != values_[NATOM]; idx++) + TopIn.SetOccupancy(idx, atof(file_.NextElement()) ); + return 0; +} + +int Parm_Amber::ReadPdbNumbers(Topology& TopIn, FortranData const& FMT) { + TopIn.AllocPdbSerialNum(); + if (SetupBuffer(F_PDB_NUM, values_[NATOM], FMT)) return 1; + for (int idx = 0; idx != values_[NATOM]; idx++) + TopIn.SetPdbSerialNum(idx, atoi(file_.NextElement()) ); return 0; } @@ -1547,23 +1582,77 @@ void Parm_Amber::WriteLine(FlagType flag, std::string const& lineIn) { file_.Printf("%%FLAG %-74s\n%-80s\n%-80s\n", FLAGS_[flag].Flag, FLAGS_[flag].Fmt, title.c_str()); } +/** Write TREE_CHAIN_CLASSIFICATION array. */ +int Parm_Amber::WriteTreeChainClassification(std::vector const& tree) { + if (BufferAlloc(F_ITREE, tree.size())) return 1; + for (std::vector::const_iterator it = tree.begin(); it != tree.end(); ++it) + file_.CharToBuffer( *(*it) ); + file_.FlushBuffer(); + return 0; +} + +/** Write IJOIN array */ +int Parm_Amber::WriteIjoin(std::vector const& ijoin) { + if (BufferAlloc(F_JOIN, ijoin.size())) return 1; + for (std::vector::const_iterator it = ijoin.begin(); it != ijoin.end(); ++it) + file_.IntToBuffer( *it ); + file_.FlushBuffer(); + return 0; +} + +/** Write IROTAT array */ +int Parm_Amber::WriteIrotat(std::vector const& irotat) { + if (BufferAlloc(F_IROTAT, irotat.size())) return 1; + for (std::vector::const_iterator it = irotat.begin(); it != irotat.end(); ++it) + file_.IntToBuffer( *it ); + file_.FlushBuffer(); + return 0; +} + // Parm_Amber::WriteExtra() -int Parm_Amber::WriteExtra(std::vector const& extra) { +/** Write "extra" Amber info that is deprecated: the tree, join, and rotate + * arrays. If the info is not present but it is indicated the user + * wants them written, generate blank arrays of size natom. + */ +int Parm_Amber::WriteExtra(Topology const& topOut, int natom) { + if (topOut.TreeChainClassification().empty() || + topOut.JoinArray().empty() || + topOut.RotateArray().empty()) + { + mprintf("Warning: Topology does not contain tree, join, and/or rotate arrays.\n"); + if (writeEmptyArrays_) + mprintf("Warning: Empty entries will be created for missing arrays. Care should be\n" + "Warning: taken if this topology is used for anything besides analysis or\n" + "Warning: visualization.\n"); + else + mprintf("Warning: Missing arrays will not be written. Care should be taken if this\n" + "Warning: topology is used for anything besides analysis or visualization.\n" + "Warning: To create an empty array specify the 'writeempty' keyword.\n"); + } // TREE CHAIN CLASSIFICATION - if (BufferAlloc(F_ITREE, extra.size())) return 1; - for (Topology::extra_iterator it = extra.begin(); it != extra.end(); ++it) - file_.CharToBuffer( *(it->Itree()) ); - file_.FlushBuffer(); + if (topOut.TreeChainClassification().empty()) { + if (writeEmptyArrays_) { + if (WriteTreeChainClassification( std::vector(natom, "BLA") )) return 1; + } + } else { + if (WriteTreeChainClassification( topOut.TreeChainClassification() )) return 1; + } // JOIN - if (BufferAlloc(F_JOIN, extra.size())) return 1; - for (Topology::extra_iterator it = extra.begin(); it != extra.end(); ++it) - file_.IntToBuffer( it->Join() ); - file_.FlushBuffer(); + if (topOut.JoinArray().empty()) { + if (writeEmptyArrays_) { + if (WriteIjoin( std::vector(natom, 0) )) return 1; + } + } else { + if (WriteIjoin( topOut.JoinArray() )) return 1; + } // IROTAT - if (BufferAlloc(F_IROTAT, extra.size())) return 1; - for (Topology::extra_iterator it = extra.begin(); it != extra.end(); ++it) - file_.IntToBuffer( it->Irotat() ); - file_.FlushBuffer(); + if (topOut.RotateArray().empty()) { + if (writeEmptyArrays_) { + if (WriteIrotat( std::vector(natom, 0) )) return 1; + } + } else { + if (WriteIrotat( topOut.RotateArray() )) return 1; + } return 0; } @@ -1614,7 +1703,17 @@ int Parm_Amber::WriteParm(FileName const& fname, Topology const& TopOut) { Excluded.push_back( (*ex) + 1 ); } } - + + // Determine if atoms have bfactors and/or occupancy. + bool hasBfac = !TopOut.Bfactor().empty(); + bool hasOcc = !TopOut.Occupancy().empty(); + bool hasNum = !TopOut.PdbSerialNum().empty(); + if (hasBfac) + mprintf("\tTopology has atomic B-factors.\n"); + if (hasOcc) + mprintf("\tTopology has atomic occupancies.\n"); + if (hasNum) + mprintf("\tTopology has original PDB serial numbers.\n"); // Determine max residue size. Also determine if extra info needs to be // written such as PDB residue number, chain ID, etc. // Since original res num gets set no matter what, only print out @@ -1640,7 +1739,14 @@ int Parm_Amber::WriteParm(FileName const& fname, Topology const& TopOut) { mprintf("\tTopology has chain IDs.\n"); if (hasIcodes) mprintf("\tTopology has residue insertion codes.\n"); + // Turn PDB info off if specified if (!writePdbInfo_) { + if (hasBfac) + mprintf("\tnopdbinfo : Not writing atomic B-factors.\n"); + if (hasOcc) + mprintf("\tnopdbinfo : Not writing atomic occupancies.\n"); + if (hasNum) + mprintf("\tnopdbinfo : Not writing original PDB serial numbers.\n"); if (hasOrigResNums) mprintf("\tnopdbinfo : Not writing alternative residue numbering.\n"); if (hasChainID) @@ -1650,6 +1756,9 @@ int Parm_Amber::WriteParm(FileName const& fname, Topology const& TopOut) { hasOrigResNums = false; hasChainID = false; hasIcodes = false; + hasBfac = false; + hasOcc = false; + hasNum = false; } // Determine value of ifbox @@ -1966,25 +2075,7 @@ int Parm_Amber::WriteParm(FileName const& fname, Topology const& TopOut) { // may mean this topology was not originally read from an Amber topology // and could cause problems if used for simulations. Create "empty" values, // but warn. - if (!TopOut.Extra().empty()) { - if (WriteExtra(TopOut.Extra())) return 1; - } else { - mprintf("Warning: Topology does not contain tree, join, or rotate entries.\n" - "Warning: These are required by Amber.\n"); - if (writeEmptyArrays_) { - mprintf("Warning: Creating empty entries for tree, join, and rotate,\n" - "Warning: but care should be taken if this topology is used for\n" - "Warning: anything besides analysis or simulation.\n"); - std::vector extra; - extra.reserve( TopOut.Natom() ); - for (int i = 0; i < TopOut.Natom(); i++) - extra.push_back( AtomExtra("BLA", 0, 0, ' ') ); - if (WriteExtra(extra)) return 1; - } else - mprintf("Warning: These arrays will not be written and the topology\n" - "Warning: will only be usable for basic analysis and visualization.\n" - "Warning: To change this behavior specify the 'writeempty' keyword.\n"); - } + if (WriteExtra(TopOut, TopOut.Natom())) return 1; // CHAMBER only - write CMAP parameters if (TopOut.HasCmap()) { @@ -2269,6 +2360,30 @@ int Parm_Amber::WriteParm(FileName const& fname, Topology const& TopOut) { } file_.FlushBuffer(); } + if (hasOcc) { + // PDB atomic occupancy + if (BufferAlloc(F_PDB_OCC, TopOut.Natom())) return 1; + for (std::vector::const_iterator it = TopOut.Occupancy().begin(); + it != TopOut.Occupancy().end(); ++it) + file_.DblToBuffer( *it ); + file_.FlushBuffer(); + } + if (hasBfac) { + // PDB atomic B-factors + if (BufferAlloc(F_PDB_BFAC, TopOut.Natom())) return 1; + for (std::vector::const_iterator it = TopOut.Bfactor().begin(); + it != TopOut.Bfactor().end(); ++it) + file_.DblToBuffer( *it ); + file_.FlushBuffer(); + } + if (hasNum) { + // PDB original serial numbers + if (BufferAlloc(F_PDB_NUM, TopOut.Natom())) return 1; + for (std::vector::const_iterator it = TopOut.PdbSerialNum().begin(); + it != TopOut.PdbSerialNum().end(); ++it) + file_.IntToBuffer( *it ); + file_.FlushBuffer(); + } return 0; } diff --git a/src/Parm_Amber.h b/src/Parm_Amber.h index c081e6b841..3bfb337f43 100644 --- a/src/Parm_Amber.h +++ b/src/Parm_Amber.h @@ -20,7 +20,7 @@ class Parm_Amber : public ParmIO { class FortranData; /// Enumerated type for Fortran data type enum Type { UNKNOWN_FTYPE=0, FINT, FDOUBLE, FCHAR, FFLOAT }; - /// Enumerated type for Amber Parmtop Flags + /// Enumerated type for Amber Parmtop Flags. KEEP IN SYNC WITH FLAG_ ARRAY enum FlagType { F_POINTERS = 0, F_NAMES, F_CHARGE, F_MASS, F_RESNAMES, F_RESNUMS, F_TYPES, F_BONDSH, F_BONDS, F_SOLVENT_POINTER, @@ -36,8 +36,8 @@ class Parm_Amber : public ParmIO { F_CHM_UBFC, F_CHM_UBEQ, F_CHM_NIMP, F_CHM_IMP, F_CHM_NIMPT, F_CHM_IMPFC, F_CHM_IMPP, F_LJ14A, F_LJ14B, F_CHM_CMAPC, F_CHM_CMAPR, F_CHM_CMAPP, F_CHM_CMAPI, F_FF_TYPE, F_PDB_RES, - F_PDB_CHAIN, F_PDB_ICODE, F_PDB_ALT, F_CMAPC, F_CMAPR, - F_CMAPP, F_CMAPI + F_PDB_CHAIN, F_PDB_ICODE, F_PDB_ALT, F_PDB_BFAC, F_PDB_OCC, + F_PDB_NUM, F_CMAPC, F_CMAPR, F_CMAPP, F_CMAPI }; /// Used to hold %FLAG/FORMAT string pairs. Corresponds to FlagType. struct ParmFlag { @@ -112,6 +112,9 @@ class Parm_Amber : public ParmIO { int ReadPdbChainID(Topology&, FortranData const&); int ReadPdbIcode(Topology&, FortranData const&); int ReadPdbAlt(Topology&, FortranData const&); + int ReadPdbBfactor(Topology&, FortranData const&); + int ReadPdbOccupancy(Topology&, FortranData const&); + int ReadPdbNumbers(Topology&, FortranData const&); // CHAMBER int ReadChamberFFtype(Topology&, FortranData const&); int ReadChamberUBCount(Topology&, FortranData const&); @@ -147,9 +150,13 @@ class Parm_Amber : public ParmIO { int WriteAngles(FlagType, AngleArray const&); int WriteDihedrals(FlagType, DihedralArray const&); void WriteLine(FlagType, std::string const&); - int WriteExtra(std::vector const&); + int WriteTreeChainClassification(std::vector const&); + int WriteIjoin(std::vector const&); + int WriteIrotat(std::vector const&); + int WriteExtra(Topology const&, int); static const int AMBERPOINTERS_; + /// Contain topology flags enumerated by FlagType static const ParmFlag FLAGS_[]; ParmType ptype_; diff --git a/src/Parm_CIF.cpp b/src/Parm_CIF.cpp index 574d515bf8..9da136cc3c 100644 --- a/src/Parm_CIF.cpp +++ b/src/Parm_CIF.cpp @@ -78,7 +78,9 @@ int Parm_CIF::ReadParm(FileName const& fname, Topology &TopIn) { } // '.' altloc means blank? if (altloc == '.') altloc = ' '; - TopIn.AddExtraAtomInfo( AtomExtra(occupancy, bfactor, altloc) ); + TopIn.AddAtomAltLoc( altloc ); + TopIn.AddOccupancy( occupancy ); + TopIn.AddBfactor( bfactor ); if (icode_col != -1) { icode = (*line)[ icode_col ][0]; // '?' icode means blank diff --git a/src/Parm_PDB.cpp b/src/Parm_PDB.cpp index d96caf2b5c..82350f7b12 100644 --- a/src/Parm_PDB.cpp +++ b/src/Parm_PDB.cpp @@ -125,6 +125,7 @@ int Parm_PDB::ReadParm(FileName const& fname, Topology &TopIn) { nAltLocSkipped++; continue; } + TopIn.AddAtomAltLoc( altLoc ); if (atnum >= (int)serial.size()) serial.resize( atnum+1, -1 ); serial[atnum] = TopIn.Natom(); @@ -134,7 +135,8 @@ int Parm_PDB::ReadParm(FileName const& fname, Topology &TopIn) { pdbAtom.SetGBradius( bfactor ); } else { infile.pdb_OccupancyAndBfactor(occupancy, bfactor); - TopIn.AddExtraAtomInfo( AtomExtra(occupancy, bfactor, altLoc) ); + TopIn.AddOccupancy( occupancy ); + TopIn.AddBfactor( bfactor ); } TopIn.AddTopAtom(pdbAtom, infile.pdb_Residue()); if (altLoc != ' ' && keepAltLoc_ == ' ') { diff --git a/src/Topology.cpp b/src/Topology.cpp index 50f14c78d3..1e2600d8e1 100644 --- a/src/Topology.cpp +++ b/src/Topology.cpp @@ -38,6 +38,24 @@ const char *Topology::c_str() const { return parmName_.c_str(); } +/** Reset all PDB-related info. + * NOTE: This routine is used by AmbPDB. + */ +void Topology::ResetPDBinfo() { + atom_altloc_.clear(); + occupancy_.clear(); + bfactor_.clear(); + pdbSerialNum_.clear(); + int resnum = 1; + for (std::vector::iterator res = residues_.begin(); + res != residues_.end(); ++res, ++resnum) + { + res->SetOriginalNum( resnum ); + res->SetIcode(' '); + res->SetChainID(' '); + } +} + /** Used to set box info from currently associated trajectory. */ // FIXME: This routine is here for potential backwards compatibility issues // since the topology box information was previously modified by @@ -356,13 +374,39 @@ void Topology::StartNewMol() { residues_.back().SetTerminal( true ); }*/ -/** Common setup with common excluded distance. */ -int Topology::CommonSetup(bool molsearch) { - return CommonSetup(molsearch, 4); +/** Common setup with common excluded distance of 4. */ +int Topology::CommonSetup(bool molsearch, bool renumberResidues) { + return CommonSetup(molsearch, 4, renumberResidues); +} + +/** Check the given size. If not # atoms, return true (error). */ +bool Topology::CheckExtraSize(size_t sizeIn, const char* desc) +const +{ + if (sizeIn > 0 && sizeIn != atoms_.size()) { + mprinterr("Error: Size of the %s array (%zu) is not # atoms (%zu)\n", desc, sizeIn, atoms_.size()); + return true; + } + return false; } // Topology::CommonSetup() -int Topology::CommonSetup(bool molsearch, int excludedDist) { +/** Set up common to all topologies. + * \param molsearch If true, determine molecules based on bond info. + * \param excludedDist Number of atoms to use when determining exclusion list. + * \param renumberResidues If true, renumber residues if any residue is part of more than 1 molecule + * e.g. when alternate locations are present. + */ +int Topology::CommonSetup(bool molsearch, int excludedDist, bool renumberResidues) +{ + // Check the size of any "extra" arrays + if (CheckExtraSize(tree_.size(), "Amber tree")) return 1; + if (CheckExtraSize(ijoin_.size(), "Amber join")) return 1; + if (CheckExtraSize(irotat_.size(), "Amber rotate")) return 1; + if (CheckExtraSize(atom_altloc_.size(), "PDB alt. loc.")) return 1; + if (CheckExtraSize(occupancy_.size(), "PDB occupancy")) return 1; + if (CheckExtraSize(bfactor_.size(), "PDB Bfactor")) return 1; + if (CheckExtraSize(pdbSerialNum_.size(), "PDB serial #")) return 1; // TODO: Make bond parm assignment / molecule search optional? // Assign default lengths if necessary (for e.g. CheckStructure) if (bondparm_.empty()) @@ -372,9 +416,18 @@ int Topology::CommonSetup(bool molsearch, int excludedDist) { if (DetermineMolecules()) mprinterr("Error: Could not determine molecule information for %s.\n", c_str()); } - // Check that molecules do not share residue numbers. Only when bond searching. - // FIXME always check? - if (!molecules_.empty() && molecules_.size() > 1) { + // DEBUG : Current residue info + if (debug_ > 1) { + mprintf("DEBUG: Current residue info (%zu).\n", residues_.size()); + for (std::vector::const_iterator res = residues_.begin(); res != residues_.end(); ++res) + { + mprintf("DEBUG:\t\t%8li %6s orig=%8i atoms %8i to %8i\n", res-residues_.begin(), + *(res->Name()), res->OriginalResNum(), res->FirstAtom(), res->LastAtom()); + } + } + // Check if any molecules share residue numbers. If so and if specified, + // base residue information on molecules. + if (renumberResidues && !molecules_.empty() && molecules_.size() > 1) { bool mols_share_residues = (molecules_.size() > residues_.size()); if (!mols_share_residues) { // More in-depth check @@ -385,20 +438,16 @@ int Topology::CommonSetup(bool molsearch, int excludedDist) { int m1_resnum = atoms_[ mol->MolUnit().Front()].ResNum(); if (m0_resnum == m1_resnum) { mols_share_residues = true; - unsigned int molnum = mol - molecules_.begin(); - mprintf("Warning: 2 or more molecules (%u and %u) share residue numbers (%i).\n", + long int molnum = mol - molecules_.begin(); + mprintf("Warning: 2 or more molecules (%li and %li) share residue numbers (%i).\n", molnum, molnum+1, m0_resnum+1); break; } } } if (mols_share_residues) { - //if (bondsearch) - mprintf("Warning: Either residue information is incorrect or molecule determination" - " was inaccurate.\n"); - //else - // mprintf("Warning: Residue information appears to be incorrect.\n"); - mprintf("Warning: Basing residue information on molecules.\n"); + mprintf("Warning: This usually happens when alternate locations for atoms are present.\n" + "Warning: Basing residue information on molecules.\n"); std::vector newResArray; unsigned int res_first_atom = 0; while (res_first_atom < atoms_.size()) { @@ -426,7 +475,8 @@ int Topology::CommonSetup(bool molsearch, int excludedDist) { res->OriginalResNum(), res->Icode()); } - } + } // END renumber residues based on molecules + // Set up solvent information if (SetSolventInfo()) mprinterr("Error: Could not determine solvent information for %s.\n", c_str()); @@ -438,21 +488,6 @@ int Topology::CommonSetup(bool molsearch, int excludedDist) { return 0; } -/** Reset any extended PDB info. */ -void Topology::ResetPDBinfo() { - int rnum = 1; - for (std::vector::iterator res = residues_.begin(); - res != residues_.end(); ++res, ++rnum) - { - res->SetOriginalNum(rnum); - res->SetIcode(' '); - res->SetChainID(' '); - } - for (std::vector::iterator ex = extra_.begin(); - ex != extra_.end(); ++ex) - ex->SetAltLoc(' '); // TODO bfactor, occupancy? -} - /** For topology formats that do not contain residue info, base residues * on molecules. */ @@ -505,6 +540,11 @@ int Topology::Setup_NoResInfo() { } // Topology::Resize() +/** Clear all arrays; allocate atoms, residues, tree, ijoin, irotat, and + * bond/angle/dihedral parameter arrays according to input pointers. + * Intended for use when reading Amber Topology file, specifically the + * POINTERS section. + */ void Topology::Resize(Pointers const& pIn) { atoms_.clear(); residues_.clear(); @@ -525,7 +565,13 @@ void Topology::Resize(Pointers const& pIn) { cap_.Clear(); lesparm_.Clear(); chamber_.Clear(); - extra_.clear(); + tree_.clear(); + ijoin_.clear(); + irotat_.clear(); + atom_altloc_.clear(); + occupancy_.clear(); + bfactor_.clear(); + pdbSerialNum_.clear(); parmBox_.SetNoBox(); refCoords_ = Frame(); ipol_ = 0; @@ -535,7 +581,9 @@ void Topology::Resize(Pointers const& pIn) { atoms_.resize( pIn.natom_ ); residues_.resize( pIn.nres_ ); - extra_.resize( pIn.nextra_ ); + tree_.resize( pIn.natom_ ); + ijoin_.resize( pIn.natom_, 0 ); + irotat_.resize( pIn.natom_, 0 ); bondparm_.resize( pIn.nBndParm_ ); angleparm_.resize( pIn.nAngParm_ ); dihedralparm_.resize( pIn.nDihParm_ ); @@ -1360,6 +1408,24 @@ int Topology::ScaleDihedralK(double scale_factor, std::string const& maskExpr, b return 0; } +/** This template can be used when doing ModifyByMap() on a generic std::vector array + * of type T. + */ +template class TopVecStrip { + public: + /// CONSTRUCTOR + TopVecStrip() {} + /// Strip current array according to given map, output to given array of same type + void Strip(std::vector& newArray, std::vector const& oldArray, std::vector const& MapIn) + { + if (!oldArray.empty()) { + for (std::vector::const_iterator old_it = MapIn.begin(); old_it != MapIn.end(); ++old_it) + if (*old_it >= 0) + newArray.push_back( oldArray[*old_it] ); + } + } +}; + // Topology::ModifyByMap() /** \return Pointer to new Topology based on this Topology, deleting atoms * that are not in the given map (Map[newatom] = oldatom). @@ -1613,11 +1679,17 @@ Topology* Topology::ModifyByMap(std::vector const& MapIn, bool setupFullPar } } // Amber extra info. - if (!extra_.empty()) { - for (std::vector::const_iterator old_it = MapIn.begin(); old_it != MapIn.end(); ++old_it) - if (*old_it >= 0) - newParm->extra_.push_back( extra_[*old_it] ); - } + TopVecStrip stripNameType; + stripNameType.Strip(newParm->tree_, tree_, MapIn); + TopVecStrip stripInt; + stripInt.Strip(newParm->ijoin_, ijoin_, MapIn); + stripInt.Strip(newParm->irotat_, irotat_, MapIn); + stripInt.Strip(newParm->pdbSerialNum_, pdbSerialNum_, MapIn); + TopVecStrip stripChar; + stripChar.Strip(newParm->atom_altloc_, atom_altloc_, MapIn); + TopVecStrip stripFloat; + stripFloat.Strip(newParm->occupancy_, occupancy_, MapIn); + stripFloat.Strip(newParm->bfactor_, bfactor_, MapIn); // Setup excluded atoms list - Necessary? newParm->DetermineExcludedAtoms(); @@ -1849,6 +1921,33 @@ class TypeArray { Tarray::iterator lastType_; }; +/** This template can be used when doing Append() on a generic std::vector array + * of type T. The array will be appended to a given array of the same type. + * If one is empty and the other is not, values will be filled in if necessary. + */ +template class TopVecAppend { + public: + /// CONSTRUCTOR + TopVecAppend() {} + /// Append current array to given array of same type + void Append(std::vector& arrayOut, std::vector const& arrayToAdd, unsigned int expectedSize) + { + if (arrayToAdd.empty() && arrayOut.empty()) { + // Both arrays are empty. Nothing to do. + return; + } else if (arrayToAdd.empty()) { + // The current array is empty but the given array is not. Fill in + // array to append with blank values. + for (unsigned int idx = 0; idx != expectedSize; idx++) + arrayOut.push_back( T() ); + } else { + // Append current array to array to given array. TODO use std::copy? + for (typename std::vector::const_iterator it = arrayToAdd.begin(); it != arrayToAdd.end(); ++it) + arrayOut.push_back( *it ); + } + } +}; + // Topology::AppendTop() int Topology::AppendTop(Topology const& NewTop) { int atomOffset = (int)atoms_.size(); @@ -2017,9 +2116,18 @@ int Topology::AppendTop(Topology const& NewTop) { nonbond_ = newNB; } // EXTRA ATOM INFO - for (Topology::extra_iterator extra = NewTop.extraBegin(); - extra != NewTop.extraEnd(); ++extra) - AddExtraAtomInfo( *extra ); + TopVecAppend appendNameType; + appendNameType.Append( tree_, NewTop.tree_, NewTop.Natom() ); + TopVecAppend appendInt; + appendInt.Append( ijoin_, NewTop.ijoin_, NewTop.Natom() ); + appendInt.Append( irotat_, NewTop.irotat_, NewTop.Natom() ); + appendInt.Append( pdbSerialNum_, NewTop.pdbSerialNum_, NewTop.Natom() ); + TopVecAppend appendChar; + appendChar.Append( atom_altloc_, NewTop.atom_altloc_, NewTop.Natom() ); + TopVecAppend appendFloat; + appendFloat.Append( occupancy_, NewTop.occupancy_, NewTop.Natom() ); + appendFloat.Append( bfactor_, NewTop.bfactor_, NewTop.Natom() ); + // BONDS AddBondArray(NewTop.Bonds(), NewTop.BondParm(), atomOffset); AddBondArray(NewTop.BondsH(), NewTop.BondParm(), atomOffset); diff --git a/src/Topology.h b/src/Topology.h index 345e003b74..5ae6b5adf9 100644 --- a/src/Topology.h +++ b/src/Topology.h @@ -2,7 +2,6 @@ #define INC_TOPOLOGY_H #include #include "Atom.h" -#include "AtomExtra.h" #include "Residue.h" #include "Molecule.h" #include "ParameterTypes.h" @@ -47,11 +46,35 @@ class Topology { const Atom &operator[](int idx) const { return atoms_[idx]; } std::vector const& Atoms() const { return atoms_; } Atom& SetAtom(int idx) { return atoms_[idx]; } - typedef std::vector::const_iterator extra_iterator; - extra_iterator extraBegin() const { return extra_.begin(); } - extra_iterator extraEnd() const { return extra_.end(); } - inline const std::vector& Extra() const { return extra_; } - AtomExtra& SetExtraAtomInfo(int idx) { return extra_[idx]; } + // ----- Amber Extra Info -------------------- + std::vector const& TreeChainClassification() const { return tree_; } + std::vector const& JoinArray() const { return ijoin_; } + std::vector const& RotateArray() const { return irotat_; } + void AllocTreeChainClassification() { tree_.assign(atoms_.size(), "BLA"); } + void AllocJoinArray() { ijoin_.assign(atoms_.size(), 0); } + void AllocRotateArray() { irotat_.assign(atoms_.size(), 0); } + void SetTreeChainClassification(int idx, NameType const& n) { tree_[idx] = n; } + void SetJoinArray(int idx, int j) { ijoin_[idx] = j; } + void SetRotateArray(int idx, int r) { irotat_[idx] = r; } + // ----- PDB info ---------------------------- + /// Reset all PDB-related info + void ResetPDBinfo(); + std::vector const& AtomAltLoc() const { return atom_altloc_; } + std::vector const& Occupancy() const { return occupancy_; } + std::vector const& Bfactor() const { return bfactor_; } + std::vector const& PdbSerialNum() const { return pdbSerialNum_; } + void AllocAtomAltLoc() { atom_altloc_.assign(atoms_.size(), ' '); } + void AllocOccupancy() { occupancy_.assign(atoms_.size(), 1.0); } + void AllocBfactor() { bfactor_.assign(atoms_.size(), 0.0); } + void AllocPdbSerialNum() { pdbSerialNum_.assign(atoms_.size(), -1); } + void SetAtomAltLoc(int idx, char a) { atom_altloc_[idx] = a; } + void SetOccupancy(int idx, float o) { occupancy_[idx] = o; } + void SetBfactor(int idx, float b) { bfactor_[idx] = b; } + void SetPdbSerialNum(int idx, int i) { pdbSerialNum_[idx] = i; } + void AddAtomAltLoc(char a) { atom_altloc_.push_back( a ); } + void AddOccupancy(float o) { occupancy_.push_back( o ); } + void AddBfactor(float b) { bfactor_.push_back( b ); } + void AddPdbSerialNum(int i) { pdbSerialNum_.push_back( i ); } // ----- Residue-specific routines ----------- typedef std::vector::const_iterator res_iterator; inline res_iterator ResStart() const { return residues_.begin(); } @@ -166,15 +189,14 @@ class Topology { void SetBoxFromTraj(Box const&); // ----- Setup routines ---------------------- int AddTopAtom(Atom const&, Residue const&); - void AddExtraAtomInfo(AtomExtra const& ex) { extra_.push_back(ex); } // FIXME bounds check //void StartNewMol(); - /// Perform common final setup: optional molecule determination, excluded distance - int CommonSetup(bool, int); - /// Perform common final setup: optional molecule determination - int CommonSetup(bool); - /// Perform common final setup with molecule determination on. - int CommonSetup() { return CommonSetup(true); } - void ResetPDBinfo(); + /// Perform common final setup: optional molecule determination, excluded distance, renumber residues by molecules + int CommonSetup(bool, int, bool); + /// Perform common final setup: optional molecule determination, renumber residues by molecules + int CommonSetup(bool, bool); + /// Perform common final setup with molecule determination on, renumber residues off. + int CommonSetup() { return CommonSetup(true, false); } + /// Set up with no residue info TODO deprecate in favor of routine in CommonSetup? int Setup_NoResInfo(); /// Resize for given numbers of atoms/residues etc. Clears any existing data. void Resize(Pointers const&); @@ -214,6 +236,7 @@ class Topology { static inline DihedralType SetTorsionParmIndex(DihedralType const&, DihedralParmArray const&, int, const char*); + inline bool CheckExtraSize(size_t, const char*) const; void VisitAtom(int, int); int RecursiveMolSearch(); @@ -272,8 +295,15 @@ class Topology { CapParmType cap_; ///< Water cap information LES_ParmType lesparm_; ///< LES parameters ChamberParmType chamber_; ///< CHAMBER parameters - // Extra atom info - std::vector extra_; + // "Extra" Amber atom info + std::vector tree_; ///< Amber TREE_CHAIN_CLASSIFICATION array + std::vector ijoin_; ///< Amber JOIN_ARRAY array + std::vector irotat_; ///< Amber IROTAT array + // PDB info + std::vector atom_altloc_; ///< Atom alternate location ID + std::vector occupancy_; ///< Atom occupancy + std::vector bfactor_; ///< Atom B-factor + std::vector pdbSerialNum_; ///< Atom PDB original serial number Box parmBox_; Frame refCoords_; ///< Internal reference coords for distance-based masks @@ -295,15 +325,12 @@ NonbondType const& Topology::GetLJparam(int a1, int a2) const { // ----------------------------------------------------------------------------- class Topology::Pointers { public: - Pointers() : natom_(0), nres_(0), nextra_(0), nBndParm_(0), nAngParm_(0), - nDihParm_(0) {} - Pointers(int na, int nr, int ne, int nbp, int nap, int ndp): - natom_(na), nres_(nr), nextra_(ne), nBndParm_(nbp), nAngParm_(nap), - nDihParm_(ndp) {} + Pointers() : natom_(0), nres_(0), nBndParm_(0), nAngParm_(0), nDihParm_(0) {} + Pointers(int na, int nr, int nbp, int nap, int ndp): + natom_(na), nres_(nr), nBndParm_(nbp), nAngParm_(nap), nDihParm_(ndp) {} //private: int natom_; int nres_; - int nextra_; int nBndParm_; int nAngParm_; int nDihParm_; diff --git a/src/Traj_PDBfile.cpp b/src/Traj_PDBfile.cpp index 0bec5726d4..2dff2d61aa 100644 --- a/src/Traj_PDBfile.cpp +++ b/src/Traj_PDBfile.cpp @@ -746,6 +746,10 @@ int Traj_PDBfile::setupTrajout(FileName const& fname, Topology* trajParm, case VDW: Bfactors_.push_back( trajParm->GetVDWradius(iat) ); break; } } + } else if (!trajParm->Bfactor().empty()) { + Bfactors_.reserve( trajParm->Natom() ); + for (std::vector::const_iterator it = trajParm->Bfactor().begin(); it != trajParm->Bfactor().end(); ++it) + Bfactors_.push_back( *it ); } Occupancy_.clear(); if (occdata_ != 0) { @@ -757,6 +761,10 @@ int Traj_PDBfile::setupTrajout(FileName const& fname, Topology* trajParm, // Set up charges for (Topology::atom_iterator atm = trajParm->begin(); atm != trajParm->end(); ++atm) Occupancy_.push_back( atm->Charge() ); + } else if (!trajParm->Occupancy().empty()) { + Occupancy_.reserve( trajParm->Natom() ); + for (std::vector::const_iterator it = trajParm->Occupancy().begin(); it != trajParm->Occupancy().end(); ++it) + Occupancy_.push_back( *it ); } // If no default occupancy set it to 1 if (occdefault_ < 0) occdefault_ = 1.0; @@ -855,11 +863,12 @@ int Traj_PDBfile::writeFrame(int set, Frame const& frameOut) { rectype = PDBfile::HETATM; else rectype = PDBfile::ATOM; - if (!pdbTop_->Extra().empty()) { - Occ = pdbTop_->Extra()[aidx].Occupancy(); - Bfac = pdbTop_->Extra()[aidx].Bfactor(); - altLoc = pdbTop_->Extra()[aidx].AtomAltLoc(); - } + if (!pdbTop_->Occupancy().empty()) + Occ = pdbTop_->Occupancy()[aidx]; + if (!pdbTop_->Bfactor().empty()) + Bfac = pdbTop_->Bfactor()[aidx]; + if (!pdbTop_->AtomAltLoc().empty()) + altLoc = pdbTop_->AtomAltLoc()[aidx]; if (!Bfactors_.empty()) Bfac = (float) Bfactors_[aidx]; if (!Occupancy_.empty()) diff --git a/src/Version.h b/src/Version.h index db6e9b0408..a015f0f99b 100644 --- a/src/Version.h +++ b/src/Version.h @@ -12,7 +12,7 @@ * Whenever a number that precedes is incremented, all subsequent * numbers should be reset to 0. */ -#define CPPTRAJ_INTERNAL_VERSION "V4.30.2" +#define CPPTRAJ_INTERNAL_VERSION "V4.31.0" /// PYTRAJ relies on this #define CPPTRAJ_VERSION_STRING CPPTRAJ_INTERNAL_VERSION #endif diff --git a/src/ViewRst.cpp b/src/ViewRst.cpp index 1cfb2f2f77..9cf0a5bae5 100644 --- a/src/ViewRst.cpp +++ b/src/ViewRst.cpp @@ -90,7 +90,7 @@ int ViewRst::WriteRstTop(std::string const& topOutName) { for (unsigned int nt = 0; nt != Pseudo_.size(); nt++) { ParmFile topOut; - Pseudo_[nt].CommonSetup(false); + Pseudo_[nt].CommonSetup(false, false); // No molecule search, no renumbering residues if (topOut.WriteTopology(Pseudo_[nt], OutNames[nt], ArgList(), ParmFile::UNKNOWN_PARM, 0)) return 1; } diff --git a/src/cpptrajdepend b/src/cpptrajdepend index 58f05e58d1..24ec632fd8 100644 --- a/src/cpptrajdepend +++ b/src/cpptrajdepend @@ -1,143 +1,143 @@ -Action.o : Action.cpp Action.h ActionState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action.o : Action.cpp Action.h ActionState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ActionFrameCounter.o : ActionFrameCounter.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h CpptrajStdio.h -ActionList.o : ActionList.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -ActionTopWriter.o : ActionTopWriter.cpp ActionTopWriter.h ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Align.o : Action_Align.cpp Action.h ActionState.h Action_Align.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Angle.o : Action_Angle.cpp Action.h ActionState.h Action_Angle.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_AreaPerMol.o : Action_AreaPerMol.cpp Action.h ActionState.h Action_AreaPerMol.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_AtomMap.o : Action_AtomMap.cpp Action.h ActionState.h Action_AtomMap.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h StructureMapper.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_AtomicCorr.o : Action_AtomicCorr.cpp Action.h ActionState.h Action_AtomicCorr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_AtomicFluct.o : Action_AtomicFluct.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_AtomicFluct.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_AutoImage.o : Action_AutoImage.cpp Action.h ActionState.h Action_AutoImage.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h Image_List.h Image_List_Unit.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Average.o : Action_Average.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Average.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Bounds.o : Action_Bounds.cpp Action.h ActionState.h Action_Bounds.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Box.o : Action_Box.cpp Action.h ActionState.h Action_Box.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Center.o : Action_Center.cpp Action.h ActionState.h Action_Center.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Channel.o : Action_Channel.cpp Action.h ActionState.h Action_Channel.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_CheckChirality.o : Action_CheckChirality.cpp Action.h ActionState.h Action_CheckChirality.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_CheckStructure.o : Action_CheckStructure.cpp Action.h ActionState.h Action_CheckStructure.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DataSet_integer.h DataSet_string.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StructureCheck.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Closest.o : Action_Closest.cpp Action.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_Closest.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_ClusterDihedral.o : Action_ClusterDihedral.cpp Action.h ActionState.h Action_ClusterDihedral.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Contacts.o : Action_Contacts.cpp Action.h ActionState.h Action_Contacts.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_CreateCrd.o : Action_CreateCrd.cpp Action.h ActionState.h Action_CreateCrd.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_CreateReservoir.o : Action_CreateReservoir.cpp Action.h ActionState.h Action_CreateReservoir.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h RemdReservoirNC.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_DNAionTracker.o : Action_DNAionTracker.cpp Action.h ActionState.h Action_DNAionTracker.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_DSSP.o : Action_DSSP.cpp Action.h ActionState.h Action_DSSP.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Density.o : Action_Density.cpp Action.h ActionState.h Action_Density.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OnlineVarT.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Diffusion.o : Action_Diffusion.cpp Action.h ActionState.h Action_Diffusion.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Dihedral.o : Action_Dihedral.cpp Action.h ActionState.h Action_Dihedral.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_DihedralRMS.o : Action_DihedralRMS.cpp Action.h ActionState.h Action_DihedralRMS.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Dipole.o : Action_Dipole.cpp Action.h ActionState.h Action_Dipole.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridAction.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_DistRmsd.o : Action_DistRmsd.cpp Action.h ActionState.h Action_DistRmsd.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Distance.o : Action_Distance.cpp Action.h ActionState.h Action_Distance.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Energy.o : Action_Energy.cpp Action.h ActionState.h Action_Energy.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h Energy.h Ewald.h Ewald_ParticleMesh.h Ewald_Regular.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h helpme_standalone.h -Action_Esander.o : Action_Esander.cpp Action.h ActionState.h Action_Esander.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h Energy_Sander.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_FilterByData.o : Action_FilterByData.cpp Action.h ActionState.h Action_FilterByData.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_FixAtomOrder.o : Action_FixAtomOrder.cpp Action.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_FixAtomOrder.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomTopType.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_FixImagedBonds.o : Action_FixImagedBonds.cpp Action.h ActionState.h Action_FixImagedBonds.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_GIST.o : Action_GIST.cpp Action.h ActionState.h Action_GIST.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridDbl.h DataSet_GridFlt.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridBin.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h cuda_kernels/GistCudaSetup.cuh -Action_Grid.o : Action_Grid.cpp Action.h ActionState.h Action_Grid.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridAction.h GridBin.h MaskArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_GridFreeEnergy.o : Action_GridFreeEnergy.cpp Action.h ActionState.h Action_GridFreeEnergy.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridAction.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_HydrogenBond.o : Action_HydrogenBond.cpp Action.h ActionState.h Action_HydrogenBond.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Image.o : Action_Image.cpp Action.h ActionState.h Action_Image.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h Image_List.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_InfraredSpectrum.o : Action_InfraredSpectrum.cpp Action.h ActionState.h Action_InfraredSpectrum.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Jcoupling.o : Action_Jcoupling.cpp Action.h ActionState.h Action_Jcoupling.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_LESsplit.o : Action_LESsplit.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_LESsplit.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_LIE.o : Action_LIE.cpp Action.h ActionState.h Action_LIE.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_LipidOrder.o : Action_LipidOrder.cpp Action.h ActionState.h Action_LipidOrder.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_MakeStructure.o : Action_MakeStructure.cpp Action.h ActionState.h Action_MakeStructure.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Mask.o : Action_Mask.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Mask.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Matrix.o : Action_Matrix.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Matrix.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_MinImage.o : Action_MinImage.cpp Action.h ActionState.h Action_MinImage.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Molsurf.o : Action_Molsurf.cpp Action.h ActionState.h Action_Molsurf.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h molsurf.h -Action_MultiDihedral.o : Action_MultiDihedral.cpp Action.h ActionState.h Action_MultiDihedral.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_MultiVector.o : Action_MultiVector.cpp Action.h ActionState.h Action_MultiVector.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_NAstruct.o : Action_NAstruct.cpp Action.h ActionState.h Action_NAstruct.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h AxisType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_float.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_NMRrst.o : Action_NMRrst.cpp Action.h ActionState.h Action_NMRrst.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DataSet_float.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ViewRst.h -Action_NativeContacts.o : Action_NativeContacts.cpp Action.h ActionState.h Action_NativeContacts.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_OrderParameter.o : Action_OrderParameter.cpp Action.h ActionState.h Action_OrderParameter.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OnlineVarT.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Outtraj.o : Action_Outtraj.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Outtraj.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_PairDist.o : Action_PairDist.cpp Action.h ActionState.h Action_PairDist.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OnlineVarT.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Pairwise.o : Action_Pairwise.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Pairwise.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Principal.o : Action_Principal.cpp Action.h ActionState.h Action_Principal.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Projection.o : Action_Projection.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Projection.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Pucker.o : Action_Pucker.cpp Action.h ActionState.h Action_Pucker.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Radgyr.o : Action_Radgyr.cpp Action.h ActionState.h Action_Radgyr.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Radial.o : Action_Radial.cpp Action.h ActionState.h Action_Radial.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_RandomizeIons.o : Action_RandomizeIons.cpp Action.h ActionState.h Action_RandomizeIons.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Remap.o : Action_Remap.cpp Action.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_Remap.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_ReplicateCell.o : Action_ReplicateCell.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_ReplicateCell.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Rmsd.o : Action_Rmsd.cpp Action.h ActionState.h Action_Rmsd.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Rotate.o : Action_Rotate.cpp Action.h ActionState.h Action_Rotate.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mat3x3.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_RunningAvg.o : Action_RunningAvg.cpp Action.h ActionState.h Action_RunningAvg.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_STFC_Diffusion.o : Action_STFC_Diffusion.cpp Action.h ActionState.h Action_STFC_Diffusion.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Scale.o : Action_Scale.cpp Action.h ActionState.h Action_Scale.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_SetVelocity.o : Action_SetVelocity.cpp Action.h ActionState.h Action_SetVelocity.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h Constraints.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Spam.o : Action_Spam.cpp Action.h ActionState.h Action_Spam.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataIO.h DataIO_Peaks.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector_Scalar.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h HistBin.h ImagedAction.h KDE.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OnlineVarT.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Strip.o : Action_Strip.cpp Action.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_Strip.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Surf.o : Action_Surf.cpp Action.h ActionState.h Action_Surf.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_SymmetricRmsd.o : Action_SymmetricRmsd.cpp Action.h ActionState.h Action_SymmetricRmsd.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Temperature.o : Action_Temperature.cpp Action.h ActionState.h Action_Temperature.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h Constraints.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Time.o : Action_Time.cpp Action.h ActionState.h Action_Time.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Translate.o : Action_Translate.cpp Action.h ActionState.h Action_Translate.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Unstrip.o : Action_Unstrip.cpp Action.h ActionState.h Action_Unstrip.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Unwrap.o : Action_Unwrap.cpp Action.h ActionState.h Action_Unwrap.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h Image_List.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Vector.o : Action_Vector.cpp Action.h ActionState.h Action_Vector.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_VelocityAutoCorr.o : Action_VelocityAutoCorr.cpp Action.h ActionState.h Action_VelocityAutoCorr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Volmap.o : Action_Volmap.cpp Action.h ActionState.h Action_Volmap.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridDbl.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Volume.o : Action_Volume.cpp Action.h ActionState.h Action_Volume.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_Watershell.o : Action_Watershell.cpp Action.h ActionState.h Action_Watershell.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Action_XtalSymm.o : Action_XtalSymm.cpp Action.h ActionState.h Action_XtalSymm.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SpaceGroup.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -AnalysisList.o : AnalysisList.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_AmdBias.o : Analysis_AmdBias.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_AmdBias.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_AutoCorr.o : Analysis_AutoCorr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_AutoCorr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Average.o : Analysis_Average.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Average.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Clustering.o : Analysis_Clustering.cpp ActionFrameCounter.h ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Clustering.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterMatrix.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_DBSCAN.h Cluster_DPeaks.h Cluster_HierAgglo.h Cluster_Kmeans.h Cluster_ReadInfo.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_float.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_ConstantPHStats.o : Analysis_ConstantPHStats.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_ConstantPHStats.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h DataSet_pH.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Corr.o : Analysis_Corr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Corr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_CrankShaft.o : Analysis_CrankShaft.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CrankShaft.h Analysis_Statistics.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_string.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_CrdFluct.o : Analysis_CrdFluct.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CrdFluct.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_CrossCorr.o : Analysis_CrossCorr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CrossCorr.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_CurveFit.o : Analysis_CurveFit.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CurveFit.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h CurveFit.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h RPNcalc.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Divergence.o : Analysis_Divergence.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Divergence.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_EvalPlateau.o : Analysis_EvalPlateau.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_EvalPlateau.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h CurveFit.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_FFT.o : Analysis_FFT.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_FFT.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_HausdorffDistance.o : Analysis_HausdorffDistance.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_HausdorffDistance.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Hist.o : Analysis_Hist.cpp ActionFrameCounter.h ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Hist.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridBin.h HistBin.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_IRED.o : Analysis_IRED.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_IRED.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Integrate.o : Analysis_Integrate.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Integrate.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_KDE.o : Analysis_KDE.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_KDE.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h HistBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Lifetime.o : Analysis_Lifetime.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Lifetime.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_LowestCurve.o : Analysis_LowestCurve.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_LowestCurve.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h HistBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Matrix.o : Analysis_Matrix.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Matrix.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_MeltCurve.o : Analysis_MeltCurve.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_MeltCurve.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Modes.o : Analysis_Modes.cpp ActionFrameCounter.h ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Modes.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_MultiHist.o : Analysis_MultiHist.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Hist.h Analysis_KDE.h Analysis_MultiHist.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h HistBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Multicurve.o : Analysis_Multicurve.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CurveFit.h Analysis_Multicurve.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Overlap.o : Analysis_Overlap.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Overlap.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_PhiPsi.o : Analysis_PhiPsi.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_PhiPsi.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Regression.o : Analysis_Regression.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Regression.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_RemLog.o : Analysis_RemLog.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Lifetime.h Analysis_RemLog.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h DataSet_RemLog.h DataSet_integer.h DataSet_integer_mem.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Rms2d.o : Analysis_Rms2d.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Rms2d.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h InputTrajCommon.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_RmsAvgCorr.o : Analysis_RmsAvgCorr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_RmsAvgCorr.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Rotdif.o : Analysis_Rotdif.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Rotdif.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h CurveFit.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h PubFFT.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SimplexMin.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_RunningAvg.o : Analysis_RunningAvg.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_RunningAvg.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Slope.o : Analysis_Slope.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Slope.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Spline.o : Analysis_Spline.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Spline.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_State.o : Analysis_State.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_State.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Statistics.o : Analysis_Statistics.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Statistics.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_string.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_TI.o : Analysis_TI.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_TI.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Timecorr.o : Analysis_Timecorr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Timecorr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_VectorMath.o : Analysis_VectorMath.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_VectorMath.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Analysis_Wavelet.o : Analysis_Wavelet.cpp ActionFrameCounter.h ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Wavelet.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterMap.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h ProgressBar.h ProgressTimer.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ActionList.o : ActionList.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ActionTopWriter.o : ActionTopWriter.cpp ActionTopWriter.h ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Align.o : Action_Align.cpp Action.h ActionState.h Action_Align.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Angle.o : Action_Angle.cpp Action.h ActionState.h Action_Angle.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_AreaPerMol.o : Action_AreaPerMol.cpp Action.h ActionState.h Action_AreaPerMol.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_AtomMap.o : Action_AtomMap.cpp Action.h ActionState.h Action_AtomMap.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h StructureMapper.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_AtomicCorr.o : Action_AtomicCorr.cpp Action.h ActionState.h Action_AtomicCorr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_AtomicFluct.o : Action_AtomicFluct.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_AtomicFluct.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_AutoImage.o : Action_AutoImage.cpp Action.h ActionState.h Action_AutoImage.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h Image_List.h Image_List_Unit.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Average.o : Action_Average.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Average.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Bounds.o : Action_Bounds.cpp Action.h ActionState.h Action_Bounds.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Box.o : Action_Box.cpp Action.h ActionState.h Action_Box.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Center.o : Action_Center.cpp Action.h ActionState.h Action_Center.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Channel.o : Action_Channel.cpp Action.h ActionState.h Action_Channel.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_CheckChirality.o : Action_CheckChirality.cpp Action.h ActionState.h Action_CheckChirality.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_CheckStructure.o : Action_CheckStructure.cpp Action.h ActionState.h Action_CheckStructure.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DataSet_integer.h DataSet_string.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StructureCheck.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Closest.o : Action_Closest.cpp Action.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_Closest.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_ClusterDihedral.o : Action_ClusterDihedral.cpp Action.h ActionState.h Action_ClusterDihedral.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Contacts.o : Action_Contacts.cpp Action.h ActionState.h Action_Contacts.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_CreateCrd.o : Action_CreateCrd.cpp Action.h ActionState.h Action_CreateCrd.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_CreateReservoir.o : Action_CreateReservoir.cpp Action.h ActionState.h Action_CreateReservoir.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h RemdReservoirNC.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_DNAionTracker.o : Action_DNAionTracker.cpp Action.h ActionState.h Action_DNAionTracker.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_DSSP.o : Action_DSSP.cpp Action.h ActionState.h Action_DSSP.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Density.o : Action_Density.cpp Action.h ActionState.h Action_Density.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OnlineVarT.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Diffusion.o : Action_Diffusion.cpp Action.h ActionState.h Action_Diffusion.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Dihedral.o : Action_Dihedral.cpp Action.h ActionState.h Action_Dihedral.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_DihedralRMS.o : Action_DihedralRMS.cpp Action.h ActionState.h Action_DihedralRMS.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Dipole.o : Action_Dipole.cpp Action.h ActionState.h Action_Dipole.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridAction.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_DistRmsd.o : Action_DistRmsd.cpp Action.h ActionState.h Action_DistRmsd.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Distance.o : Action_Distance.cpp Action.h ActionState.h Action_Distance.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Energy.o : Action_Energy.cpp Action.h ActionState.h Action_Energy.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h Energy.h Ewald.h Ewald_ParticleMesh.h Ewald_Regular.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h helpme_standalone.h +Action_Esander.o : Action_Esander.cpp Action.h ActionState.h Action_Esander.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h Energy_Sander.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_FilterByData.o : Action_FilterByData.cpp Action.h ActionState.h Action_FilterByData.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_FixAtomOrder.o : Action_FixAtomOrder.cpp Action.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_FixAtomOrder.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomTopType.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_FixImagedBonds.o : Action_FixImagedBonds.cpp Action.h ActionState.h Action_FixImagedBonds.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_GIST.o : Action_GIST.cpp Action.h ActionState.h Action_GIST.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridDbl.h DataSet_GridFlt.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridBin.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h cuda_kernels/GistCudaSetup.cuh +Action_Grid.o : Action_Grid.cpp Action.h ActionState.h Action_Grid.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridAction.h GridBin.h MaskArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_GridFreeEnergy.o : Action_GridFreeEnergy.cpp Action.h ActionState.h Action_GridFreeEnergy.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridAction.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_HydrogenBond.o : Action_HydrogenBond.cpp Action.h ActionState.h Action_HydrogenBond.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Image.o : Action_Image.cpp Action.h ActionState.h Action_Image.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h Image_List.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_InfraredSpectrum.o : Action_InfraredSpectrum.cpp Action.h ActionState.h Action_InfraredSpectrum.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Jcoupling.o : Action_Jcoupling.cpp Action.h ActionState.h Action_Jcoupling.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_LESsplit.o : Action_LESsplit.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_LESsplit.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_LIE.o : Action_LIE.cpp Action.h ActionState.h Action_LIE.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_LipidOrder.o : Action_LipidOrder.cpp Action.h ActionState.h Action_LipidOrder.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_MakeStructure.o : Action_MakeStructure.cpp Action.h ActionState.h Action_MakeStructure.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Mask.o : Action_Mask.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Mask.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Matrix.o : Action_Matrix.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Matrix.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_MinImage.o : Action_MinImage.cpp Action.h ActionState.h Action_MinImage.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Molsurf.o : Action_Molsurf.cpp Action.h ActionState.h Action_Molsurf.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h molsurf.h +Action_MultiDihedral.o : Action_MultiDihedral.cpp Action.h ActionState.h Action_MultiDihedral.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_MultiVector.o : Action_MultiVector.cpp Action.h ActionState.h Action_MultiVector.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_NAstruct.o : Action_NAstruct.cpp Action.h ActionState.h Action_NAstruct.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h AxisType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_float.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_NMRrst.o : Action_NMRrst.cpp Action.h ActionState.h Action_NMRrst.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DataSet_float.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ViewRst.h +Action_NativeContacts.o : Action_NativeContacts.cpp Action.h ActionState.h Action_NativeContacts.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_OrderParameter.o : Action_OrderParameter.cpp Action.h ActionState.h Action_OrderParameter.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OnlineVarT.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Outtraj.o : Action_Outtraj.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Outtraj.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_PairDist.o : Action_PairDist.cpp Action.h ActionState.h Action_PairDist.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OnlineVarT.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Pairwise.o : Action_Pairwise.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Pairwise.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Principal.o : Action_Principal.cpp Action.h ActionState.h Action_Principal.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Projection.o : Action_Projection.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h Action_Projection.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Pucker.o : Action_Pucker.cpp Action.h ActionState.h Action_Pucker.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Radgyr.o : Action_Radgyr.cpp Action.h ActionState.h Action_Radgyr.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Radial.o : Action_Radial.cpp Action.h ActionState.h Action_Radial.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_RandomizeIons.o : Action_RandomizeIons.cpp Action.h ActionState.h Action_RandomizeIons.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Remap.o : Action_Remap.cpp Action.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_Remap.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_ReplicateCell.o : Action_ReplicateCell.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_ReplicateCell.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Rmsd.o : Action_Rmsd.cpp Action.h ActionState.h Action_Rmsd.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Rotate.o : Action_Rotate.cpp Action.h ActionState.h Action_Rotate.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mat3x3.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_RunningAvg.o : Action_RunningAvg.cpp Action.h ActionState.h Action_RunningAvg.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_STFC_Diffusion.o : Action_STFC_Diffusion.cpp Action.h ActionState.h Action_STFC_Diffusion.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Scale.o : Action_Scale.cpp Action.h ActionState.h Action_Scale.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_SetVelocity.o : Action_SetVelocity.cpp Action.h ActionState.h Action_SetVelocity.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h Constraints.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Spam.o : Action_Spam.cpp Action.h ActionState.h Action_Spam.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataIO.h DataIO_Peaks.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector_Scalar.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h HistBin.h ImagedAction.h KDE.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OnlineVarT.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Strip.o : Action_Strip.cpp Action.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_Strip.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Surf.o : Action_Surf.cpp Action.h ActionState.h Action_Surf.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_SymmetricRmsd.o : Action_SymmetricRmsd.cpp Action.h ActionState.h Action_SymmetricRmsd.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Temperature.o : Action_Temperature.cpp Action.h ActionState.h Action_Temperature.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h Constraints.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Time.o : Action_Time.cpp Action.h ActionState.h Action_Time.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Translate.o : Action_Translate.cpp Action.h ActionState.h Action_Translate.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Unstrip.o : Action_Unstrip.cpp Action.h ActionState.h Action_Unstrip.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Unwrap.o : Action_Unwrap.cpp Action.h ActionState.h Action_Unwrap.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h Image_List.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Vector.o : Action_Vector.cpp Action.h ActionState.h Action_Vector.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_VelocityAutoCorr.o : Action_VelocityAutoCorr.cpp Action.h ActionState.h Action_VelocityAutoCorr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Volmap.o : Action_Volmap.cpp Action.h ActionState.h Action_Volmap.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridDbl.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Volume.o : Action_Volume.cpp Action.h ActionState.h Action_Volume.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_Watershell.o : Action_Watershell.cpp Action.h ActionState.h Action_Watershell.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Action_XtalSymm.o : Action_XtalSymm.cpp Action.h ActionState.h Action_XtalSymm.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SpaceGroup.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +AnalysisList.o : AnalysisList.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_AmdBias.o : Analysis_AmdBias.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_AmdBias.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_AutoCorr.o : Analysis_AutoCorr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_AutoCorr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Average.o : Analysis_Average.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Average.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Clustering.o : Analysis_Clustering.cpp ActionFrameCounter.h ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Clustering.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterMatrix.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_DBSCAN.h Cluster_DPeaks.h Cluster_HierAgglo.h Cluster_Kmeans.h Cluster_ReadInfo.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_float.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_ConstantPHStats.o : Analysis_ConstantPHStats.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_ConstantPHStats.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h DataSet_pH.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Corr.o : Analysis_Corr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Corr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_CrankShaft.o : Analysis_CrankShaft.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CrankShaft.h Analysis_Statistics.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_string.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_CrdFluct.o : Analysis_CrdFluct.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CrdFluct.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_CrossCorr.o : Analysis_CrossCorr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CrossCorr.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_CurveFit.o : Analysis_CurveFit.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CurveFit.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h CurveFit.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h RPNcalc.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Divergence.o : Analysis_Divergence.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Divergence.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_EvalPlateau.o : Analysis_EvalPlateau.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_EvalPlateau.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h CurveFit.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_FFT.o : Analysis_FFT.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_FFT.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_HausdorffDistance.o : Analysis_HausdorffDistance.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_HausdorffDistance.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Hist.o : Analysis_Hist.cpp ActionFrameCounter.h ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Hist.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Grid.h GridBin.h HistBin.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_IRED.o : Analysis_IRED.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_IRED.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Integrate.o : Analysis_Integrate.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Integrate.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_KDE.o : Analysis_KDE.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_KDE.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h HistBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Lifetime.o : Analysis_Lifetime.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Lifetime.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_LowestCurve.o : Analysis_LowestCurve.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_LowestCurve.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h HistBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Matrix.o : Analysis_Matrix.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Matrix.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_MeltCurve.o : Analysis_MeltCurve.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_MeltCurve.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Modes.o : Analysis_Modes.cpp ActionFrameCounter.h ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Modes.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_MultiHist.o : Analysis_MultiHist.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Hist.h Analysis_KDE.h Analysis_MultiHist.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h HistBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Multicurve.o : Analysis_Multicurve.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_CurveFit.h Analysis_Multicurve.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Overlap.o : Analysis_Overlap.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Overlap.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_PhiPsi.o : Analysis_PhiPsi.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_PhiPsi.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Regression.o : Analysis_Regression.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Regression.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_RemLog.o : Analysis_RemLog.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Lifetime.h Analysis_RemLog.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h DataSet_RemLog.h DataSet_integer.h DataSet_integer_mem.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Rms2d.o : Analysis_Rms2d.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Rms2d.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h InputTrajCommon.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_RmsAvgCorr.o : Analysis_RmsAvgCorr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_RmsAvgCorr.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Rotdif.o : Analysis_Rotdif.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Rotdif.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h CurveFit.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h PubFFT.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SimplexMin.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_RunningAvg.o : Analysis_RunningAvg.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_RunningAvg.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Slope.o : Analysis_Slope.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Slope.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Spline.o : Analysis_Spline.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Spline.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_State.o : Analysis_State.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_State.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Statistics.o : Analysis_Statistics.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Statistics.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_string.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_TI.o : Analysis_TI.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_TI.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mesh.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Timecorr.o : Analysis_Timecorr.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Timecorr.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_VectorMath.o : Analysis_VectorMath.cpp ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_VectorMath.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h DispatchObject.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Analysis_Wavelet.o : Analysis_Wavelet.cpp ActionFrameCounter.h ActionState.h Analysis.h AnalysisState.h Analysis_Wavelet.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterMap.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h ProgressBar.h ProgressTimer.h PubFFT.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ArgList.o : ArgList.cpp ArgList.h CpptrajStdio.h StringRoutines.h -Array1D.o : Array1D.cpp ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Array1D.o : Array1D.cpp ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h AssociatedData.o : AssociatedData.cpp ArgList.h AssociatedData.h CpptrajStdio.h Atom.o : Atom.cpp Atom.h CpptrajStdio.h NameType.h SymbolExporting.h -AtomMap.o : AtomMap.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +AtomMap.o : AtomMap.cpp Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h AtomMask.o : AtomMask.cpp Atom.h AtomMask.h CpptrajStdio.h MaskToken.h Molecule.h NameType.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Unit.h -AxisType.o : AxisType.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h AxisType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -BondSearch.o : BondSearch.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BondSearch.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +AxisType.o : AxisType.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h AxisType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +BondSearch.o : BondSearch.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BondSearch.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h Box.o : Box.cpp Box.h Constants.h CpptrajStdio.h Matrix_3x3.h Parallel.h Vec3.h BufferedFrame.o : BufferedFrame.cpp BufferedFrame.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Parallel.h TextFormat.h BufferedLine.o : BufferedLine.cpp BufferedLine.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Parallel.h @@ -145,66 +145,66 @@ ByteRoutines.o : ByteRoutines.cpp CIFfile.o : CIFfile.cpp Atom.h BufferedLine.h CIFfile.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h NameType.h Parallel.h SymbolExporting.h CharMask.o : CharMask.cpp Atom.h CharMask.h CpptrajStdio.h MaskToken.h Molecule.h NameType.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Unit.h CharmmParamFile.o : CharmmParamFile.cpp ArgList.h AtomType.h BufferedLine.h CharmmParamFile.h Constants.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h StringRoutines.h TypeNameHolder.h -ClusterDist.o : ClusterDist.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -ClusterList.o : ClusterList.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ClusterDist.o : ClusterDist.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ClusterList.o : ClusterList.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ClusterMap.o : ClusterMap.cpp AssociatedData.h ClusterMap.h Constants.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_2D.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h ProgressBar.h ProgressTimer.h Range.h TextFormat.h Timer.h ClusterMatrix.o : ClusterMatrix.cpp ArrayIterator.h ClusterMatrix.h CpptrajStdio.h Matrix.h -ClusterNode.o : ClusterNode.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ClusterNode.o : ClusterNode.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ClusterSieve.o : ClusterSieve.cpp ClusterSieve.h Random.h -Cluster_DBSCAN.o : Cluster_DBSCAN.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_DBSCAN.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Cluster_DPeaks.o : Cluster_DPeaks.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_DPeaks.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h DataSet_Mesh.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Cluster_HierAgglo.o : Cluster_HierAgglo.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterMatrix.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_HierAgglo.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Cluster_Kmeans.o : Cluster_Kmeans.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_Kmeans.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Random.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Cluster_ReadInfo.o : Cluster_ReadInfo.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h BufferedLine.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_ReadInfo.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Cluster_DBSCAN.o : Cluster_DBSCAN.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_DBSCAN.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Cluster_DPeaks.o : Cluster_DPeaks.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_DPeaks.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h DataSet_Mesh.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Cluster_HierAgglo.o : Cluster_HierAgglo.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterMatrix.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_HierAgglo.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Cluster_Kmeans.o : Cluster_Kmeans.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_Kmeans.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Random.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Cluster_ReadInfo.o : Cluster_ReadInfo.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h BufferedLine.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cluster_ReadInfo.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h Cmd.o : Cmd.cpp Cmd.h DispatchObject.h CmdInput.o : CmdInput.cpp CmdInput.h StringRoutines.h CmdList.o : CmdList.cpp Cmd.h CmdList.h DispatchObject.h -Command.o : Command.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_Align.h Action_Angle.h Action_AreaPerMol.h Action_AtomMap.h Action_AtomicCorr.h Action_AtomicFluct.h Action_AutoImage.h Action_Average.h Action_Bounds.h Action_Box.h Action_Center.h Action_Channel.h Action_CheckChirality.h Action_CheckStructure.h Action_Closest.h Action_ClusterDihedral.h Action_Contacts.h Action_CreateCrd.h Action_CreateReservoir.h Action_DNAionTracker.h Action_DSSP.h Action_Density.h Action_Diffusion.h Action_Dihedral.h Action_DihedralRMS.h Action_Dipole.h Action_DistRmsd.h Action_Distance.h Action_Energy.h Action_Esander.h Action_FilterByData.h Action_FixAtomOrder.h Action_FixImagedBonds.h Action_GIST.h Action_Grid.h Action_GridFreeEnergy.h Action_HydrogenBond.h Action_Image.h Action_InfraredSpectrum.h Action_Jcoupling.h Action_LESsplit.h Action_LIE.h Action_LipidOrder.h Action_MakeStructure.h Action_Mask.h Action_Matrix.h Action_MinImage.h Action_Molsurf.h Action_MultiDihedral.h Action_MultiVector.h Action_NAstruct.h Action_NMRrst.h Action_NativeContacts.h Action_OrderParameter.h Action_Outtraj.h Action_PairDist.h Action_Pairwise.h Action_Principal.h Action_Projection.h Action_Pucker.h Action_Radgyr.h Action_Radial.h Action_RandomizeIons.h Action_Remap.h Action_ReplicateCell.h Action_Rmsd.h Action_Rotate.h Action_RunningAvg.h Action_STFC_Diffusion.h Action_Scale.h Action_SetVelocity.h Action_Spam.h Action_Strip.h Action_Surf.h Action_SymmetricRmsd.h Action_Temperature.h Action_Time.h Action_Translate.h Action_Unstrip.h Action_Unwrap.h Action_Vector.h Action_VelocityAutoCorr.h Action_Volmap.h Action_Volume.h Action_Watershell.h Action_XtalSymm.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h Analysis_AmdBias.h Analysis_AutoCorr.h Analysis_Average.h Analysis_Clustering.h Analysis_ConstantPHStats.h Analysis_Corr.h Analysis_CrankShaft.h Analysis_CrdFluct.h Analysis_CrossCorr.h Analysis_CurveFit.h Analysis_Divergence.h Analysis_EvalPlateau.h Analysis_FFT.h Analysis_HausdorffDistance.h Analysis_Hist.h Analysis_IRED.h Analysis_Integrate.h Analysis_KDE.h Analysis_Lifetime.h Analysis_LowestCurve.h Analysis_Matrix.h Analysis_MeltCurve.h Analysis_Modes.h Analysis_MultiHist.h Analysis_Multicurve.h Analysis_Overlap.h Analysis_PhiPsi.h Analysis_Regression.h Analysis_RemLog.h Analysis_Rms2d.h Analysis_RmsAvgCorr.h Analysis_Rotdif.h Analysis_RunningAvg.h Analysis_Slope.h Analysis_Spline.h Analysis_State.h Analysis_Statistics.h Analysis_TI.h Analysis_Timecorr.h Analysis_VectorMath.h Analysis_Wavelet.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h AxisType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CharMask.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterMap.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cmd.h CmdInput.h CmdList.h Command.h ComplexArray.h Constants.h Constraints.h ControlBlock.h ControlBlock_For.h CoordinateInfo.h Corr.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_MatrixFlt.h DataSet_Mesh.h DataSet_Modes.h DataSet_RemLog.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_integer_mem.h DataSet_pH.h DataSet_string.h Deprecated.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h Energy.h Energy_Sander.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_AddMissingRes.h Exec_Analyze.h Exec_Calc.h Exec_CatCrd.h Exec_Change.h Exec_ClusterMap.h Exec_CombineCoords.h Exec_Commands.h Exec_CompareTop.h Exec_CrdAction.h Exec_CrdOut.h Exec_CreateSet.h Exec_DataFile.h Exec_DataFilter.h Exec_DataSetCmd.h Exec_Emin.h Exec_GenerateAmberRst.h Exec_Graft.h Exec_Help.h Exec_LoadCrd.h Exec_LoadTraj.h Exec_ParallelAnalysis.h Exec_ParmBox.h Exec_ParmSolvent.h Exec_ParmStrip.h Exec_ParmWrite.h Exec_PermuteDihedrals.h Exec_Precision.h Exec_PrepareForLeap.h Exec_PrintData.h Exec_ReadData.h Exec_ReadEnsembleData.h Exec_ReadInput.h Exec_RotateDihedral.h Exec_RunAnalysis.h Exec_ScaleDihedralK.h Exec_SequenceAlign.h Exec_Set.h Exec_Show.h Exec_SortEnsembleData.h Exec_SplitCoords.h Exec_System.h Exec_Top.h Exec_Traj.h Exec_UpdateParameters.h Exec_ViewRst.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h Grid.h GridAction.h GridBin.h HistBin.h Hungarian.h ImageTypes.h ImagedAction.h InputTrajCommon.h MapAtom.h MaskArray.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h NetcdfFile.h OnlineVarT.h OutputTrajCommon.h PDBfile.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PubFFT.h RPNcalc.h Random.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h RemdReservoirNC.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h Spline.h StructureCheck.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h cuda_kernels/GistCudaSetup.cuh molsurf.h +Command.o : Command.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h ActionTopWriter.h Action_Align.h Action_Angle.h Action_AreaPerMol.h Action_AtomMap.h Action_AtomicCorr.h Action_AtomicFluct.h Action_AutoImage.h Action_Average.h Action_Bounds.h Action_Box.h Action_Center.h Action_Channel.h Action_CheckChirality.h Action_CheckStructure.h Action_Closest.h Action_ClusterDihedral.h Action_Contacts.h Action_CreateCrd.h Action_CreateReservoir.h Action_DNAionTracker.h Action_DSSP.h Action_Density.h Action_Diffusion.h Action_Dihedral.h Action_DihedralRMS.h Action_Dipole.h Action_DistRmsd.h Action_Distance.h Action_Energy.h Action_Esander.h Action_FilterByData.h Action_FixAtomOrder.h Action_FixImagedBonds.h Action_GIST.h Action_Grid.h Action_GridFreeEnergy.h Action_HydrogenBond.h Action_Image.h Action_InfraredSpectrum.h Action_Jcoupling.h Action_LESsplit.h Action_LIE.h Action_LipidOrder.h Action_MakeStructure.h Action_Mask.h Action_Matrix.h Action_MinImage.h Action_Molsurf.h Action_MultiDihedral.h Action_MultiVector.h Action_NAstruct.h Action_NMRrst.h Action_NativeContacts.h Action_OrderParameter.h Action_Outtraj.h Action_PairDist.h Action_Pairwise.h Action_Principal.h Action_Projection.h Action_Pucker.h Action_Radgyr.h Action_Radial.h Action_RandomizeIons.h Action_Remap.h Action_ReplicateCell.h Action_Rmsd.h Action_Rotate.h Action_RunningAvg.h Action_STFC_Diffusion.h Action_Scale.h Action_SetVelocity.h Action_Spam.h Action_Strip.h Action_Surf.h Action_SymmetricRmsd.h Action_Temperature.h Action_Time.h Action_Translate.h Action_Unstrip.h Action_Unwrap.h Action_Vector.h Action_VelocityAutoCorr.h Action_Volmap.h Action_Volume.h Action_Watershell.h Action_XtalSymm.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h Analysis_AmdBias.h Analysis_AutoCorr.h Analysis_Average.h Analysis_Clustering.h Analysis_ConstantPHStats.h Analysis_Corr.h Analysis_CrankShaft.h Analysis_CrdFluct.h Analysis_CrossCorr.h Analysis_CurveFit.h Analysis_Divergence.h Analysis_EvalPlateau.h Analysis_FFT.h Analysis_HausdorffDistance.h Analysis_Hist.h Analysis_IRED.h Analysis_Integrate.h Analysis_KDE.h Analysis_Lifetime.h Analysis_LowestCurve.h Analysis_Matrix.h Analysis_MeltCurve.h Analysis_Modes.h Analysis_MultiHist.h Analysis_Multicurve.h Analysis_Overlap.h Analysis_PhiPsi.h Analysis_Regression.h Analysis_RemLog.h Analysis_Rms2d.h Analysis_RmsAvgCorr.h Analysis_Rotdif.h Analysis_RunningAvg.h Analysis_Slope.h Analysis_Spline.h Analysis_State.h Analysis_Statistics.h Analysis_TI.h Analysis_Timecorr.h Analysis_VectorMath.h Analysis_Wavelet.h ArgList.h Array1D.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h AxisType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CharMask.h ClusterDist.h ClusterList.h ClusterMap.h ClusterNode.h ClusterSieve.h Cmd.h CmdInput.h CmdList.h Command.h ComplexArray.h Constants.h Constraints.h ControlBlock.h ControlBlock_For.h CoordinateInfo.h Corr.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_MatrixFlt.h DataSet_Mesh.h DataSet_Modes.h DataSet_RemLog.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_integer_mem.h DataSet_pH.h DataSet_string.h Deprecated.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h Energy.h Energy_Sander.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_AddMissingRes.h Exec_Analyze.h Exec_Calc.h Exec_CatCrd.h Exec_Change.h Exec_ClusterMap.h Exec_CombineCoords.h Exec_Commands.h Exec_CompareTop.h Exec_CrdAction.h Exec_CrdOut.h Exec_CreateSet.h Exec_DataFile.h Exec_DataFilter.h Exec_DataSetCmd.h Exec_Emin.h Exec_GenerateAmberRst.h Exec_Graft.h Exec_Help.h Exec_LoadCrd.h Exec_LoadTraj.h Exec_ParallelAnalysis.h Exec_ParmBox.h Exec_ParmSolvent.h Exec_ParmStrip.h Exec_ParmWrite.h Exec_PermuteDihedrals.h Exec_Precision.h Exec_PrepareForLeap.h Exec_PrintData.h Exec_ReadData.h Exec_ReadEnsembleData.h Exec_ReadInput.h Exec_RotateDihedral.h Exec_RunAnalysis.h Exec_ScaleDihedralK.h Exec_SequenceAlign.h Exec_Set.h Exec_Show.h Exec_SortEnsembleData.h Exec_SplitCoords.h Exec_System.h Exec_Top.h Exec_Traj.h Exec_UpdateParameters.h Exec_ViewRst.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h Grid.h GridAction.h GridBin.h HistBin.h Hungarian.h ImageTypes.h ImagedAction.h InputTrajCommon.h MapAtom.h MaskArray.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h NetcdfFile.h OnlineVarT.h OutputTrajCommon.h PDBfile.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PubFFT.h RPNcalc.h Random.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h RemdReservoirNC.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h Spline.h StructureCheck.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h cuda_kernels/GistCudaSetup.cuh molsurf.h ComplexArray.o : ComplexArray.cpp ArrayIterator.h ComplexArray.h -Constraints.o : Constraints.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h Constraints.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -ControlBlock_For.o : ControlBlock_For.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h ControlBlock.h ControlBlock_For.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_dataSetBlocks.h ForLoop_integer.h ForLoop_list.h ForLoop_mask.h ForLoop_overSets.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Constraints.o : Constraints.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h Constraints.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ControlBlock_For.o : ControlBlock_For.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h ControlBlock.h ControlBlock_For.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_dataSetBlocks.h ForLoop_integer.h ForLoop_list.h ForLoop_mask.h ForLoop_overSets.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h CoordinateInfo.o : CoordinateInfo.cpp Box.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h Matrix_3x3.h Parallel.h ReplicaDimArray.h Vec3.h Corr.o : Corr.cpp ArrayIterator.h ComplexArray.h Corr.h PubFFT.h Cph.o : Cph.cpp Cph.h NameType.h -Cpptraj.o : Cpptraj.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdInput.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h Cpptraj.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReadLine.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h TopInfo.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h Version.h +Cpptraj.o : Cpptraj.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdInput.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h Cpptraj.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReadLine.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h TopInfo.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h Version.h CpptrajFile.o : CpptrajFile.cpp CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileIO_Bzip2.h FileIO_Gzip.h FileIO_Mpi.h FileIO_MpiShared.h FileIO_Std.h FileName.h Parallel.h StringRoutines.h -CpptrajState.o : CpptrajState.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Action_CreateCrd.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h DataSet_Topology.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleNavigator.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FrameArray.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +CpptrajState.o : CpptrajState.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Action_CreateCrd.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h DataSet_Topology.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleNavigator.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FrameArray.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h CpptrajStdio.o : CpptrajStdio.cpp Parallel.h CurveFit.o : CurveFit.cpp CurveFit.h -DataFile.o : DataFile.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataIO.h DataIO_CCP4.h DataIO_CharmmFastRep.h DataIO_CharmmOutput.h DataIO_CharmmRepLog.h DataIO_CharmmRtfPrm.h DataIO_Cmatrix.h DataIO_Cpout.h DataIO_Evecs.h DataIO_Gnuplot.h DataIO_Grace.h DataIO_Mdout.h DataIO_NC_Cmatrix.h DataIO_OpenDx.h DataIO_Peaks.h DataIO_RemLog.h DataIO_Std.h DataIO_VecTraj.h DataIO_XVG.h DataIO_Xplor.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NC_Cmatrix.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataFileList.o : DataFileList.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO.o : DataIO.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_CCP4.o : DataIO_CCP4.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ByteRoutines.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CCP4.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_CharmmFastRep.o : DataIO_CharmmFastRep.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CharmmFastRep.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_CharmmOutput.o : DataIO_CharmmOutput.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CharmmOutput.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_CharmmRepLog.o : DataIO_CharmmRepLog.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CharmmRepLog.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_CharmmRtfPrm.o : DataIO_CharmmRtfPrm.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharmmParamFile.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CharmmRtfPrm.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Parameters.h DataSet_Topology.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_Cmatrix.o : DataIO_Cmatrix.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Cmatrix.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_Cpout.o : DataIO_Cpout.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Cpout.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_PHREMD.h DataSet_PHREMD_Explicit.h DataSet_PHREMD_Implicit.h DataSet_pH.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_Evecs.o : DataIO_Evecs.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedFrame.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Evecs.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_Gnuplot.o : DataIO_Gnuplot.cpp ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Gnuplot.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_Grace.o : DataIO_Grace.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Grace.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DataSet_string.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_Mdout.o : DataIO_Mdout.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Mdout.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_NC_Cmatrix.o : DataIO_NC_Cmatrix.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_NC_Cmatrix.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NC_Cmatrix.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_OpenDx.o : DataIO_OpenDx.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_OpenDx.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridDbl.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_Peaks.o : DataIO_Peaks.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Peaks.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector_Scalar.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_RemLog.o : DataIO_RemLog.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_RemLog.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_Std.o : DataIO_Std.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h ClusterDist.h ClusterSieve.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Std.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_string.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h GridBin.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_VecTraj.o : DataIO_VecTraj.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_VecTraj.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_XVG.o : DataIO_XVG.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_XVG.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataIO_Xplor.o : DataIO_Xplor.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Xplor.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataFile.o : DataFile.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataIO.h DataIO_CCP4.h DataIO_CharmmFastRep.h DataIO_CharmmOutput.h DataIO_CharmmRepLog.h DataIO_CharmmRtfPrm.h DataIO_Cmatrix.h DataIO_Cpout.h DataIO_Evecs.h DataIO_Gnuplot.h DataIO_Grace.h DataIO_Mdout.h DataIO_NC_Cmatrix.h DataIO_OpenDx.h DataIO_Peaks.h DataIO_RemLog.h DataIO_Std.h DataIO_VecTraj.h DataIO_XVG.h DataIO_Xplor.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NC_Cmatrix.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataFileList.o : DataFileList.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO.o : DataIO.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_CCP4.o : DataIO_CCP4.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ByteRoutines.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CCP4.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_CharmmFastRep.o : DataIO_CharmmFastRep.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CharmmFastRep.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_CharmmOutput.o : DataIO_CharmmOutput.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CharmmOutput.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_CharmmRepLog.o : DataIO_CharmmRepLog.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CharmmRepLog.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_CharmmRtfPrm.o : DataIO_CharmmRtfPrm.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharmmParamFile.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_CharmmRtfPrm.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Parameters.h DataSet_Topology.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_Cmatrix.o : DataIO_Cmatrix.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Cmatrix.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_Cpout.o : DataIO_Cpout.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Cpout.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_PHREMD.h DataSet_PHREMD_Explicit.h DataSet_PHREMD_Implicit.h DataSet_pH.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_Evecs.o : DataIO_Evecs.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedFrame.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Evecs.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Modes.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_Gnuplot.o : DataIO_Gnuplot.cpp ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Gnuplot.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_Grace.o : DataIO_Grace.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Grace.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DataSet_string.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_Mdout.o : DataIO_Mdout.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Mdout.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_NC_Cmatrix.o : DataIO_NC_Cmatrix.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_NC_Cmatrix.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NC_Cmatrix.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_OpenDx.o : DataIO_OpenDx.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_OpenDx.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridDbl.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_Peaks.o : DataIO_Peaks.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Peaks.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector_Scalar.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_RemLog.o : DataIO_RemLog.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_RemLog.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_Std.o : DataIO_Std.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h ClusterDist.h ClusterSieve.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Std.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_string.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h GridBin.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_VecTraj.o : DataIO_VecTraj.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_VecTraj.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Vector.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_XVG.o : DataIO_XVG.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_XVG.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataIO_Xplor.o : DataIO_Xplor.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataIO.h DataIO_Xplor.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h DataSet.o : DataSet.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h Range.h TextFormat.h -DataSetList.o : DataSetList.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_DISK.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Cmatrix_NOMEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h DataSet_GridDbl.h DataSet_GridFlt.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_MatrixFlt.h DataSet_Mesh.h DataSet_Modes.h DataSet_PHREMD.h DataSet_PHREMD_Explicit.h DataSet_PHREMD_Implicit.h DataSet_Parameters.h DataSet_RemLog.h DataSet_StringVar.h DataSet_Tensor.h DataSet_Topology.h DataSet_Vector.h DataSet_Vector_Scalar.h DataSet_double.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_integer_disk.h DataSet_integer_mem.h DataSet_pH.h DataSet_string.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h Hungarian.h InputTrajCommon.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NC_Cmatrix.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h SymmetricTensor.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSetList.o : DataSetList.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_DISK.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Cmatrix_NOMEM.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h DataSet_GridDbl.h DataSet_GridFlt.h DataSet_Mat3x3.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_MatrixFlt.h DataSet_Mesh.h DataSet_Modes.h DataSet_PHREMD.h DataSet_PHREMD_Explicit.h DataSet_PHREMD_Implicit.h DataSet_Parameters.h DataSet_RemLog.h DataSet_StringVar.h DataSet_Tensor.h DataSet_Topology.h DataSet_Vector.h DataSet_Vector_Scalar.h DataSet_double.h DataSet_float.h DataSet_integer.h DataSet_integer_disk.h DataSet_integer_mem.h DataSet_pH.h DataSet_string.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h Hungarian.h InputTrajCommon.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NC_Cmatrix.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h SymmetricTensor.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h DataSet_1D.o : DataSet_1D.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h ComplexArray.h Constants.h Corr.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h PubFFT.h Range.h TextFormat.h DataSet_3D.o : DataSet_3D.cpp AssociatedData.h Box.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_3D.h Dimension.h FileIO.h FileName.h GridBin.h Matrix_3x3.h MetaData.h Parallel.h Range.h TextFormat.h Vec3.h -DataSet_Cmatrix.o : DataSet_Cmatrix.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataSet_Cmatrix_DISK.o : DataSet_Cmatrix_DISK.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_DISK.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NC_Cmatrix.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataSet_Cmatrix_MEM.o : DataSet_Cmatrix_MEM.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataSet_Cmatrix_NOMEM.o : DataSet_Cmatrix_NOMEM.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_NOMEM.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataSet_Coords.o : DataSet_Coords.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataSet_Coords_CRD.o : DataSet_Coords_CRD.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataSet_Coords_REF.o : DataSet_Coords_REF.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h Trajin_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -DataSet_Coords_TRJ.o : DataSet_Coords_TRJ.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_TRJ.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h Trajin_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSet_Cmatrix.o : DataSet_Cmatrix.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSet_Cmatrix_DISK.o : DataSet_Cmatrix_DISK.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_DISK.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NC_Cmatrix.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSet_Cmatrix_MEM.o : DataSet_Cmatrix_MEM.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_MEM.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSet_Cmatrix_NOMEM.o : DataSet_Cmatrix_NOMEM.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ClusterDist.h ClusterSieve.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Cmatrix.h DataSet_Cmatrix_NOMEM.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSet_Coords.o : DataSet_Coords.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSet_Coords_CRD.o : DataSet_Coords_CRD.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSet_Coords_REF.o : DataSet_Coords_REF.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h Trajin_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSet_Coords_TRJ.o : DataSet_Coords_TRJ.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_TRJ.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h Trajin_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h DataSet_GridDbl.o : DataSet_GridDbl.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Box.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_3D.h DataSet_GridDbl.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Grid.h GridBin.h Matrix_3x3.h MetaData.h Parallel.h Range.h StringRoutines.h TextFormat.h Vec3.h DataSet_GridFlt.o : DataSet_GridFlt.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h Box.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_3D.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Grid.h GridBin.h Matrix_3x3.h MetaData.h Parallel.h Range.h StringRoutines.h TextFormat.h Vec3.h DataSet_Mat3x3.o : DataSet_Mat3x3.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_Mat3x3.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Matrix_3x3.h MetaData.h Parallel.h Range.h TextFormat.h Vec3.h @@ -218,7 +218,7 @@ DataSet_Parameters.o : DataSet_Parameters.cpp AssociatedData.h AtomType.h Consta DataSet_RemLog.o : DataSet_RemLog.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_RemLog.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h Range.h ReplicaDimArray.h TextFormat.h DataSet_StringVar.o : DataSet_StringVar.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_StringVar.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h Range.h TextFormat.h DataSet_Tensor.o : DataSet_Tensor.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_Tensor.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h Range.h SymmetricTensor.h TextFormat.h -DataSet_Topology.o : DataSet_Topology.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Topology.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DataSet_Topology.o : DataSet_Topology.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Topology.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h DataSet_Vector.o : DataSet_Vector.cpp ArrayIterator.h AssociatedData.h ComplexArray.h Constants.h Corr.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_Vector.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h PubFFT.h Range.h SymbolExporting.h TextFormat.h Vec3.h DataSet_Vector_Scalar.o : DataSet_Vector_Scalar.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Vector_Scalar.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h Range.h TextFormat.h Vec3.h DataSet_double.o : DataSet_double.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h Range.h TextFormat.h @@ -228,68 +228,68 @@ DataSet_integer_mem.o : DataSet_integer_mem.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h D DataSet_pH.o : DataSet_pH.cpp AssociatedData.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_pH.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h NameType.h Parallel.h Range.h TextFormat.h DataSet_string.o : DataSet_string.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h DataSet.h DataSet_string.h Dimension.h FileIO.h FileName.h MetaData.h Parallel.h Range.h TextFormat.h Deprecated.o : Deprecated.cpp CpptrajStdio.h Deprecated.h DispatchObject.h -DihedralSearch.o : DihedralSearch.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DihedralSearch.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +DihedralSearch.o : DihedralSearch.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DihedralSearch.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h DistRoutines.o : DistRoutines.cpp Box.h DistRoutines.h Matrix_3x3.h Parallel.h Vec3.h -Energy.o : Energy.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h Energy.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Energy.o : Energy.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h Energy.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h EnergyArray.o : EnergyArray.cpp CpptrajFile.h CpptrajStdio.h EnergyArray.h FileIO.h FileName.h Parallel.h -Energy_Sander.o : Energy_Sander.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h Energy_Sander.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Energy_Sander.o : Energy_Sander.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h Energy_Sander.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h EnsembleIn.o : EnsembleIn.cpp Atom.h AtomMask.h Box.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleIn.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Timer.h TrajFrameCounter.h Unit.h Vec3.h -EnsembleIn_Multi.o : EnsembleIn_Multi.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h EnsembleIn.h EnsembleIn_Multi.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FrameArray.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajIOarray.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -EnsembleIn_Single.o : EnsembleIn_Single.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleIn.h EnsembleIn_Single.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FrameArray.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +EnsembleIn_Multi.o : EnsembleIn_Multi.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_RemLog.h Dimension.h EnsembleIn.h EnsembleIn_Multi.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FrameArray.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajIOarray.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +EnsembleIn_Single.o : EnsembleIn_Single.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleIn.h EnsembleIn_Single.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FrameArray.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h EnsembleNavigator.o : EnsembleNavigator.cpp Atom.h AtomMask.h Box.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleIn.h EnsembleNavigator.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Timer.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TrajinList.h Unit.h Vec3.h EnsembleOut.o : EnsembleOut.cpp ActionFrameCounter.h BaseIOtype.h Box.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleOut.h FileName.h FileTypes.h FramePtrArray.h Matrix_3x3.h OutputTrajCommon.h Parallel.h Range.h ReplicaDimArray.h TrajectoryFile.h Vec3.h -EnsembleOutList.o : EnsembleOutList.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleOut.h EnsembleOutList.h EnsembleOut_Multi.h EnsembleOut_Single.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -EnsembleOut_Multi.o : EnsembleOut_Multi.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleOut.h EnsembleOut_Multi.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -EnsembleOut_Single.o : EnsembleOut_Single.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleOut.h EnsembleOut_Single.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Ewald.o : Ewald.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnergyKernel_Adjust.h EnergyKernel_Nonbond.h Ewald.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h PairListLoop.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Ewald_ParticleMesh.o : Ewald_ParticleMesh.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h Ewald.h Ewald_ParticleMesh.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h helpme_standalone.h -Ewald_Regular.o : Ewald_Regular.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h Ewald.h Ewald_Regular.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_AddMissingRes.o : Exec_AddMissingRes.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnergyArray.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_AddMissingRes.h Exec_AddMissingRes_Pres.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Minimize_SteepestDescent.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h PotentialFunction.h PotentialTerm.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h Trajin_Single.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Analyze.o : Exec_Analyze.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Analyze.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Calc.o : Exec_Calc.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Calc.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h RPNcalc.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_CatCrd.o : Exec_CatCrd.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CatCrd.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Change.o : Exec_Change.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Change.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ClusterMap.o : Exec_ClusterMap.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterMap.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ClusterMap.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_CombineCoords.o : Exec_CombineCoords.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CombineCoords.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Commands.o : Exec_Commands.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Commands.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_CompareTop.o : Exec_CompareTop.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CompareTop.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_CrdAction.o : Exec_CrdAction.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CrdAction.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_CrdOut.o : Exec_CrdOut.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CrdOut.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_CreateSet.o : Exec_CreateSet.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CreateSet.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h RPNcalc.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_DataFile.o : Exec_DataFile.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_DataFile.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_DataFilter.o : Exec_DataFilter.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Action_FilterByData.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_DataFilter.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_DataSetCmd.o : Exec_DataSetCmd.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector.h DataSet_string.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_DataSetCmd.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Emin.o : Exec_Emin.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnergyArray.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Emin.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Minimize_SteepestDescent.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialFunction.h PotentialTerm.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_GenerateAmberRst.o : Exec_GenerateAmberRst.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_GenerateAmberRst.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Graft.o : Exec_Graft.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Graft.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Help.o : Exec_Help.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Help.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_LoadCrd.o : Exec_LoadCrd.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_LoadCrd.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h Trajin_Single.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_LoadTraj.o : Exec_LoadTraj.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_LoadTraj.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ParallelAnalysis.o : Exec_ParallelAnalysis.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParallelAnalysis.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ParmBox.o : Exec_ParmBox.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParmBox.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ParmSolvent.o : Exec_ParmSolvent.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParmSolvent.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ParmStrip.o : Exec_ParmStrip.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParmStrip.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ParmWrite.o : Exec_ParmWrite.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParmWrite.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_PermuteDihedrals.o : Exec_PermuteDihedrals.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_PermuteDihedrals.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h ImagedAction.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StructureCheck.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Precision.o : Exec_Precision.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Precision.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_PrepareForLeap.o : Exec_PrepareForLeap.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_PrepareForLeap.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_PrintData.o : Exec_PrintData.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_PrintData.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ReadData.o : Exec_ReadData.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ReadData.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ReadEnsembleData.o : Exec_ReadEnsembleData.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ReadEnsembleData.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ReadInput.o : Exec_ReadInput.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ReadInput.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_RotateDihedral.o : Exec_RotateDihedral.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_RotateDihedral.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_RunAnalysis.o : Exec_RunAnalysis.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_RunAnalysis.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ScaleDihedralK.o : Exec_ScaleDihedralK.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ScaleDihedralK.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_SequenceAlign.o : Exec_SequenceAlign.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_SequenceAlign.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Set.o : Exec_Set.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_StringVar.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Set.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Show.o : Exec_Show.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_StringVar.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Show.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_SortEnsembleData.o : Exec_SortEnsembleData.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_PHREMD.h DataSet_PHREMD_Explicit.h DataSet_PHREMD_Implicit.h DataSet_pH.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_SortEnsembleData.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_SplitCoords.o : Exec_SplitCoords.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_SplitCoords.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_System.o : Exec_System.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_System.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Top.o : Exec_Top.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Top.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h TopInfo.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_Traj.o : Exec_Traj.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Traj.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_UpdateParameters.o : Exec_UpdateParameters.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Parameters.h DataSet_Topology.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_UpdateParameters.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Exec_ViewRst.o : Exec_ViewRst.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ViewRst.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ViewRst.h +EnsembleOutList.o : EnsembleOutList.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleOut.h EnsembleOutList.h EnsembleOut_Multi.h EnsembleOut_Single.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +EnsembleOut_Multi.o : EnsembleOut_Multi.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleOut.h EnsembleOut_Multi.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +EnsembleOut_Single.o : EnsembleOut_Single.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnsembleOut.h EnsembleOut_Single.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Ewald.o : Ewald.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnergyKernel_Adjust.h EnergyKernel_Nonbond.h Ewald.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h PairListLoop.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Ewald_ParticleMesh.o : Ewald_ParticleMesh.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h Ewald.h Ewald_ParticleMesh.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h helpme_standalone.h +Ewald_Regular.o : Ewald_Regular.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h Ewald.h Ewald_Regular.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_AddMissingRes.o : Exec_AddMissingRes.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnergyArray.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_AddMissingRes.h Exec_AddMissingRes_Pres.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Minimize_SteepestDescent.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h PotentialFunction.h PotentialTerm.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h Trajin_Single.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Analyze.o : Exec_Analyze.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Analyze.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Calc.o : Exec_Calc.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Calc.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h RPNcalc.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_CatCrd.o : Exec_CatCrd.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CatCrd.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Change.o : Exec_Change.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Change.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ClusterMap.o : Exec_ClusterMap.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ClusterMap.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixFlt.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ClusterMap.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_CombineCoords.o : Exec_CombineCoords.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CombineCoords.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Commands.o : Exec_Commands.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Commands.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_CompareTop.o : Exec_CompareTop.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CompareTop.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_CrdAction.o : Exec_CrdAction.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CrdAction.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_CrdOut.o : Exec_CrdOut.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CrdOut.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_CreateSet.o : Exec_CreateSet.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_CreateSet.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h RPNcalc.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_DataFile.o : Exec_DataFile.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_DataFile.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_DataFilter.o : Exec_DataFilter.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Action_FilterByData.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h Array1D.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_double.h DataSet_integer.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_DataFilter.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_DataSetCmd.o : Exec_DataSetCmd.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector.h DataSet_string.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_DataSetCmd.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Emin.o : Exec_Emin.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnergyArray.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Emin.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Minimize_SteepestDescent.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialFunction.h PotentialTerm.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_GenerateAmberRst.o : Exec_GenerateAmberRst.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_GenerateAmberRst.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Graft.o : Exec_Graft.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Graft.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Help.o : Exec_Help.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Help.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_LoadCrd.o : Exec_LoadCrd.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_LoadCrd.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h Trajin_Single.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_LoadTraj.o : Exec_LoadTraj.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_LoadTraj.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ParallelAnalysis.o : Exec_ParallelAnalysis.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParallelAnalysis.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ParmBox.o : Exec_ParmBox.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParmBox.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ParmSolvent.o : Exec_ParmSolvent.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParmSolvent.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ParmStrip.o : Exec_ParmStrip.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParmStrip.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ParmWrite.o : Exec_ParmWrite.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ParmWrite.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_PermuteDihedrals.o : Exec_PermuteDihedrals.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_PermuteDihedrals.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h ImagedAction.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Random.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StructureCheck.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Precision.o : Exec_Precision.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Precision.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_PrepareForLeap.o : Exec_PrepareForLeap.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h DistRoutines.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_PrepareForLeap.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_PrintData.o : Exec_PrintData.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_PrintData.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ReadData.o : Exec_ReadData.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ReadData.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ReadEnsembleData.o : Exec_ReadEnsembleData.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ReadEnsembleData.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ReadInput.o : Exec_ReadInput.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ReadInput.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_RotateDihedral.o : Exec_RotateDihedral.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DihedralSearch.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_RotateDihedral.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TorsionRoutines.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_RunAnalysis.o : Exec_RunAnalysis.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_RunAnalysis.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ScaleDihedralK.o : Exec_ScaleDihedralK.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ScaleDihedralK.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_SequenceAlign.o : Exec_SequenceAlign.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_SequenceAlign.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Set.o : Exec_Set.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_StringVar.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Set.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Show.o : Exec_Show.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_StringVar.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Show.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_SortEnsembleData.o : Exec_SortEnsembleData.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h Cph.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_PHREMD.h DataSet_PHREMD_Explicit.h DataSet_PHREMD_Implicit.h DataSet_pH.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_SortEnsembleData.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_SplitCoords.o : Exec_SplitCoords.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_CRD.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_SplitCoords.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ProgressBar.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_System.o : Exec_System.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_System.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Top.o : Exec_Top.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Top.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h TopInfo.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_Traj.o : Exec_Traj.cpp Action.h ActionFrameCounter.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_Traj.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_UpdateParameters.o : Exec_UpdateParameters.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Parameters.h DataSet_Topology.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_UpdateParameters.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Exec_ViewRst.o : Exec_ViewRst.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h Exec.h Exec_ViewRst.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ViewRst.h FileIO_Bzip2.o : FileIO_Bzip2.cpp CpptrajStdio.h FileIO.h FileIO_Bzip2.h FileIO_Gzip.o : FileIO_Gzip.cpp CpptrajStdio.h FileIO.h FileIO_Gzip.h FileIO_Mpi.o : FileIO_Mpi.cpp FileIO.h FileIO_Mpi.h Parallel.h @@ -299,60 +299,60 @@ FileName.o : FileName.cpp CpptrajStdio.h FileName.h StringRoutines.h FileType.o : FileType.cpp FileType.h FileTypes.o : FileTypes.cpp ArgList.h BaseIOtype.h CpptrajStdio.h FileTypes.h File_TempName.o : File_TempName.cpp CpptrajStdio.h FileName.h File_TempName.h StringRoutines.h -ForLoop.o : ForLoop.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h ForLoop.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -ForLoop_dataSetBlocks.o : ForLoop_dataSetBlocks.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_dataSetBlocks.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -ForLoop_integer.o : ForLoop_integer.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_integer.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -ForLoop_list.o : ForLoop_list.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_list.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -ForLoop_mask.o : ForLoop_mask.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_mask.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -ForLoop_overSets.o : ForLoop_overSets.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_overSets.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ForLoop.o : ForLoop.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h ForLoop.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ForLoop_dataSetBlocks.o : ForLoop_dataSetBlocks.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_dataSetBlocks.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ForLoop_integer.o : ForLoop_integer.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_integer.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ForLoop_list.o : ForLoop_list.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_list.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ForLoop_mask.o : ForLoop_mask.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_mask.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ForLoop_overSets.o : ForLoop_overSets.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h ForLoop.h ForLoop_overSets.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h Frame.o : Frame.cpp Atom.h AtomMask.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Unit.h Vec3.h -GridAction.o : GridAction.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridAction.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +GridAction.o : GridAction.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridAction.h GridBin.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h HistBin.o : HistBin.cpp Constants.h CpptrajStdio.h Dimension.h HistBin.h Hungarian.o : Hungarian.cpp ArrayIterator.h Constants.h CpptrajStdio.h Hungarian.h Matrix.h ImageRoutines.o : ImageRoutines.cpp Atom.h AtomMask.h Box.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h Frame.h ImageRoutines.h ImageTypes.h Image_List.h Image_List_Mask.h Image_List_Pair.h Image_List_Pair_CoM.h Image_List_Pair_First.h Image_List_Pair_Geom.h Image_List_Unit.h Image_List_Unit_CoM.h Image_List_Unit_First.h Image_List_Unit_Geom.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Unit.h Vec3.h -Image_List_Mask.o : Image_List_Mask.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h Image_List.h Image_List_Mask.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Image_List_Pair.o : Image_List_Pair.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h Image_List.h Image_List_Pair.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Image_List_Unit.o : Image_List_Unit.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h Image_List.h Image_List_Unit.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Image_List_Mask.o : Image_List_Mask.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h Image_List.h Image_List_Mask.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Image_List_Pair.o : Image_List_Pair.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h Image_List.h Image_List_Pair.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Image_List_Unit.o : Image_List_Unit.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h Image_List.h Image_List_Unit.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h InputTrajCommon.o : InputTrajCommon.cpp CpptrajStdio.h FileName.h InputTrajCommon.h TrajFrameCounter.h KDE.o : KDE.cpp AssociatedData.h Constants.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_1D.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h HistBin.h KDE.h MetaData.h Parallel.h Range.h TextFormat.h MapAtom.o : MapAtom.cpp Atom.h MapAtom.h NameType.h SymbolExporting.h -MaskArray.o : MaskArray.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +MaskArray.o : MaskArray.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h MaskToken.o : MaskToken.cpp ArgList.h Atom.h Box.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Unit.h Vec3.h Matrix_3x3.o : Matrix_3x3.cpp Constants.h CpptrajStdio.h Matrix_3x3.h Vec3.h MetaData.o : MetaData.cpp CpptrajStdio.h FileName.h MetaData.h Range.h StringRoutines.h -Minimize_SteepestDescent.o : Minimize_SteepestDescent.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h EnergyArray.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Minimize_SteepestDescent.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialFunction.h PotentialTerm.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Mol.o : Mol.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Mol.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Minimize_SteepestDescent.o : Minimize_SteepestDescent.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h EnergyArray.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Minimize_SteepestDescent.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialFunction.h PotentialTerm.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Mol.o : Mol.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Mol.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h Mol2File.o : Mol2File.cpp Atom.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Mol2File.h NameType.h Parallel.h Residue.h StringRoutines.h SymbolExporting.h NC_Cmatrix.o : NC_Cmatrix.cpp CpptrajStdio.h FileName.h NC_Cmatrix.h NC_Routines.h NC_Routines.o : NC_Routines.cpp CpptrajStdio.h NC_Routines.h NameType.o : NameType.cpp CpptrajStdio.h NameType.h NetcdfFile.o : NetcdfFile.cpp Atom.h AtomMask.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NC_Routines.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h ParallelNetcdf.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Unit.h Vec3.h Version.h -OutputTrajCommon.o : OutputTrajCommon.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +OutputTrajCommon.o : OutputTrajCommon.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h PDBfile.o : PDBfile.cpp Atom.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h Residue.h SymbolExporting.h -PairList.o : PairList.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +PairList.o : PairList.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h Parallel.o : Parallel.cpp Parallel.h ParallelNetcdf.o : ParallelNetcdf.cpp CpptrajStdio.h Parallel.h ParallelNetcdf.h ParameterSet.o : ParameterSet.cpp AtomType.h Constants.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h TypeNameHolder.h UpdateParameters.h -ParmFile.o : ParmFile.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedFrame.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h ParmIO.h Parm_Amber.h Parm_CIF.h Parm_CharmmPsf.h Parm_Gromacs.h Parm_Mol2.h Parm_PDB.h Parm_SDF.h Parm_Tinker.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Parm_Amber.o : Parm_Amber.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedFrame.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_Amber.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Parm_CIF.o : Parm_CIF.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedLine.h CIFfile.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_CIF.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Parm_CharmmPsf.o : Parm_CharmmPsf.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h CharmmParamFile.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Mol.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_CharmmPsf.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Parm_Gromacs.o : Parm_Gromacs.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_Gromacs.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Parm_Mol2.o : Parm_Mol2.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Mol2File.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_Mol2.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Parm_PDB.o : Parm_PDB.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_PDB.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Parm_SDF.o : Parm_SDF.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_SDF.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h SDFfile.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Parm_Tinker.o : Parm_Tinker.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_Tinker.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TinkerFile.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -PotentialFunction.o : PotentialFunction.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnergyArray.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialFunction.h PotentialTerm.h PotentialTerm_Bond.h PotentialTerm_LJ_Coulomb.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -PotentialTerm_Bond.o : PotentialTerm_Bond.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h EnergyArray.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialTerm.h PotentialTerm_Bond.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -PotentialTerm_LJ_Coulomb.o : PotentialTerm_LJ_Coulomb.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h EnergyArray.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialTerm.h PotentialTerm_LJ_Coulomb.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ParmFile.o : ParmFile.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedFrame.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h ParmIO.h Parm_Amber.h Parm_CIF.h Parm_CharmmPsf.h Parm_Gromacs.h Parm_Mol2.h Parm_PDB.h Parm_SDF.h Parm_Tinker.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Parm_Amber.o : Parm_Amber.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedFrame.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_Amber.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Parm_CIF.o : Parm_CIF.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedLine.h CIFfile.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_CIF.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Parm_CharmmPsf.o : Parm_CharmmPsf.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h CharmmParamFile.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Mol.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_CharmmPsf.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Parm_Gromacs.o : Parm_Gromacs.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_Gromacs.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Parm_Mol2.o : Parm_Mol2.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Mol2File.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_Mol2.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Parm_PDB.o : Parm_PDB.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_PDB.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Parm_SDF.o : Parm_SDF.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_SDF.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h SDFfile.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Parm_Tinker.o : Parm_Tinker.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h BondSearch.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmIO.h Parm_Tinker.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TinkerFile.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +PotentialFunction.o : PotentialFunction.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h EnergyArray.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialFunction.h PotentialTerm.h PotentialTerm_Bond.h PotentialTerm_LJ_Coulomb.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +PotentialTerm_Bond.o : PotentialTerm_Bond.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h EnergyArray.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialTerm.h PotentialTerm_Bond.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +PotentialTerm_LJ_Coulomb.o : PotentialTerm_LJ_Coulomb.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h EnergyArray.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h PotentialTerm.h PotentialTerm_LJ_Coulomb.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ProgressBar.o : ProgressBar.cpp CpptrajStdio.h ProgressBar.h ProgressTimer.o : ProgressTimer.cpp CpptrajStdio.h ProgressTimer.h Timer.h PubFFT.o : PubFFT.cpp ArrayIterator.h ComplexArray.h CpptrajStdio.h PubFFT.h -RPNcalc.o : RPNcalc.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h RPNcalc.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +RPNcalc.o : RPNcalc.cpp ArgList.h ArrayIterator.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h ComplexArray.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_2D.h DataSet_3D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_GridFlt.h DataSet_MatrixDbl.h DataSet_Mesh.h DataSet_Vector.h DataSet_double.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h Grid.h GridBin.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h RPNcalc.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h Spline.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h Random.o : Random.cpp CpptrajStdio.h Random.h Range.o : Range.cpp ArgList.h CpptrajStdio.h Range.h -ReadLine.o : ReadLine.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdInput.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReadLine.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -ReferenceAction.o : ReferenceAction.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ReadLine.o : ReadLine.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Cmd.h CmdInput.h CmdList.h Command.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajState.h CpptrajStdio.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReadLine.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ReferenceAction.o : ReferenceAction.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Coords_TRJ.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceAction.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajFrameIndex.h Trajin.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h RemdReservoirNC.o : RemdReservoirNC.cpp Atom.h AtomMask.h Box.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NC_Routines.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h RemdReservoirNC.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Unit.h Vec3.h Residue.o : Residue.cpp NameType.h Residue.h SDFfile.o : SDFfile.cpp Atom.h CpptrajFile.h FileIO.h FileName.h NameType.h Parallel.h SDFfile.h StringRoutines.h SymbolExporting.h @@ -360,49 +360,49 @@ SimplexMin.o : SimplexMin.cpp AssociatedData.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h Data SpaceGroup.o : SpaceGroup.cpp Matrix_3x3.h SpaceGroup.h Vec3.h Spline.o : Spline.cpp CpptrajStdio.h Spline.h StringRoutines.o : StringRoutines.cpp CpptrajStdio.h StringRoutines.h -StructureCheck.o : StructureCheck.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h FileName.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StructureCheck.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -StructureMapper.o : StructureMapper.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StructureMapper.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -SymmetricRmsdCalc.o : SymmetricRmsdCalc.cpp ArrayIterator.h Atom.h AtomExtra.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +StructureCheck.o : StructureCheck.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h FileName.h Frame.h ImagedAction.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h PairList.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StructureCheck.h SymbolExporting.h Timer.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +StructureMapper.o : StructureMapper.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h Frame.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StructureMapper.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +SymmetricRmsdCalc.o : SymmetricRmsdCalc.cpp ArrayIterator.h Atom.h AtomMap.h AtomMask.h AtomType.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h DistRoutines.h FileName.h Frame.h Hungarian.h MapAtom.h MaskToken.h Matrix.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricRmsdCalc.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h TextFormat.o : TextFormat.cpp StringRoutines.h TextFormat.h Timer.o : Timer.cpp CpptrajStdio.h Timer.h TinkerFile.o : TinkerFile.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h Box.h BufferedLine.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TinkerFile.h Unit.h Vec3.h -TopInfo.o : TopInfo.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h Dimension.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Mol.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h TopInfo.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Topology.o : Topology.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h UpdateParameters.h Vec3.h +TopInfo.o : TopInfo.cpp AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_Coords.h Dimension.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Mol.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h TopInfo.h Topology.h TorsionRoutines.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Topology.o : Topology.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h Box.h CharMask.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TypeNameHolder.h Unit.h UpdateParameters.h Vec3.h TorsionRoutines.o : TorsionRoutines.cpp Constants.h TorsionRoutines.h Vec3.h TrajFrameCounter.o : TrajFrameCounter.cpp ArgList.h CpptrajStdio.h TrajFrameCounter.h -TrajIOarray.o : TrajIOarray.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajIOarray.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_AmberCoord.o : Traj_AmberCoord.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedFrame.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h Traj_AmberCoord.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_AmberNetcdf.o : Traj_AmberNetcdf.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NC_Routines.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h ParallelNetcdf.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_AmberNetcdf.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_AmberRestart.o : Traj_AmberRestart.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedFrame.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h Traj_AmberRestart.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_AmberRestartNC.o : Traj_AmberRestartNC.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NC_Routines.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_AmberRestartNC.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_Binpos.o : Traj_Binpos.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_Binpos.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_CIF.o : Traj_CIF.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CIFfile.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_CIF.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_CharmmCor.o : Traj_CharmmCor.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_CharmmCor.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_CharmmDcd.o : Traj_CharmmDcd.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ByteRoutines.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_CharmmDcd.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_CharmmRestart.o : Traj_CharmmRestart.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedFrame.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h Traj_CharmmRestart.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_Conflib.o : Traj_Conflib.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_Conflib.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_DTR.o : Traj_DTR.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_DTR.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h vmdplugin/dtrplugin.hxx -Traj_GmxDump.o : Traj_GmxDump.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_GmxDump.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_GmxTng.o : Traj_GmxTng.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_GmxTng.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_GmxTrX.o : Traj_GmxTrX.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ByteRoutines.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_GmxTrX.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_GmxXtc.o : Traj_GmxXtc.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_GmxXtc.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_Gro.o : Traj_Gro.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_Gro.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_Mol2File.o : Traj_Mol2File.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Mol2File.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_Mol2File.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_NcEnsemble.o : Traj_NcEnsemble.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FrameArray.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NC_Routines.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h ParallelNetcdf.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_NcEnsemble.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_PDBfile.o : Traj_PDBfile.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Tensor.h Dimension.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricTensor.h TextFormat.h Timer.h Topology.h Traj_PDBfile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_SDF.o : Traj_SDF.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h SDFfile.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_SDF.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_SQM.o : Traj_SQM.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_SQM.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_Tinker.o : Traj_Tinker.cpp Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TinkerFile.h Topology.h Traj_Tinker.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Traj_XYZ.o : Traj_XYZ.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h Traj_XYZ.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +TrajIOarray.o : TrajIOarray.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajIOarray.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_AmberCoord.o : Traj_AmberCoord.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedFrame.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h Traj_AmberCoord.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_AmberNetcdf.o : Traj_AmberNetcdf.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NC_Routines.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h ParallelNetcdf.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_AmberNetcdf.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_AmberRestart.o : Traj_AmberRestart.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedFrame.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h Traj_AmberRestart.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_AmberRestartNC.o : Traj_AmberRestartNC.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NC_Routines.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_AmberRestartNC.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_Binpos.o : Traj_Binpos.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_Binpos.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_CIF.o : Traj_CIF.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h CIFfile.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_CIF.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_CharmmCor.o : Traj_CharmmCor.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_CharmmCor.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_CharmmDcd.o : Traj_CharmmDcd.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ByteRoutines.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_CharmmDcd.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_CharmmRestart.o : Traj_CharmmRestart.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedFrame.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h Traj_CharmmRestart.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_Conflib.o : Traj_Conflib.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_Conflib.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_DTR.o : Traj_DTR.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_DTR.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h vmdplugin/dtrplugin.hxx +Traj_GmxDump.o : Traj_GmxDump.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_GmxDump.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_GmxTng.o : Traj_GmxTng.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_GmxTng.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_GmxTrX.o : Traj_GmxTrX.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h ByteRoutines.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_GmxTrX.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_GmxXtc.o : Traj_GmxXtc.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_GmxXtc.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_Gro.o : Traj_Gro.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_Gro.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_Mol2File.o : Traj_Mol2File.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Mol2File.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_Mol2File.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_NcEnsemble.o : Traj_NcEnsemble.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FrameArray.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NC_Routines.h NameType.h NetcdfFile.h Parallel.h ParallelNetcdf.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_NcEnsemble.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_PDBfile.o : Traj_PDBfile.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_1D.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h DataSet_Tensor.h Dimension.h DistRoutines.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h PDBfile.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h SymmetricTensor.h TextFormat.h Timer.h Topology.h Traj_PDBfile.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_SDF.o : Traj_SDF.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h SDFfile.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_SDF.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_SQM.o : Traj_SQM.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h Traj_SQM.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_Tinker.o : Traj_Tinker.cpp Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TinkerFile.h Topology.h Traj_Tinker.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Traj_XYZ.o : Traj_XYZ.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h BufferedLine.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Topology.h Traj_XYZ.h TrajectoryIO.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h TrajectoryFile.o : TrajectoryFile.cpp Atom.h AtomMask.h BaseIOtype.h Box.h BufferedFrame.h BufferedLine.h CIFfile.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Mol2File.h Molecule.h NameType.h NetcdfFile.h PDBfile.h Parallel.h ReplicaDimArray.h Residue.h SDFfile.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h TinkerFile.h Traj_AmberCoord.h Traj_AmberNetcdf.h Traj_AmberRestart.h Traj_AmberRestartNC.h Traj_Binpos.h Traj_CIF.h Traj_CharmmCor.h Traj_CharmmDcd.h Traj_CharmmRestart.h Traj_Conflib.h Traj_DTR.h Traj_GmxDump.h Traj_GmxTng.h Traj_GmxTrX.h Traj_GmxXtc.h Traj_Gro.h Traj_Mol2File.h Traj_NcEnsemble.h Traj_PDBfile.h Traj_SDF.h Traj_SQM.h Traj_Tinker.h Traj_XYZ.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h Unit.h Vec3.h TrajectoryIO.o : TrajectoryIO.cpp BaseIOtype.h Box.h CoordinateInfo.h FramePtrArray.h Matrix_3x3.h Parallel.h ReplicaDimArray.h TrajectoryIO.h Vec3.h -TrajinList.o : TrajinList.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_RemLog.h Dimension.h EnsembleIn.h EnsembleIn_Multi.h EnsembleIn_Single.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajIOarray.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h Trajin.h TrajinList.h Trajin_Multi.h Trajin_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Trajin_Multi.o : Trajin_Multi.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajIOarray.h TrajectoryIO.h Trajin.h Trajin_Multi.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Trajin_Single.o : Trajin_Single.cpp ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h Trajin.h Trajin_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -TrajoutList.o : TrajoutList.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h -Trajout_Single.o : Trajout_Single.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +TrajinList.o : TrajinList.cpp ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSet_RemLog.h Dimension.h EnsembleIn.h EnsembleIn_Multi.h EnsembleIn_Single.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajIOarray.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h Trajin.h TrajinList.h Trajin_Multi.h Trajin_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Trajin_Multi.o : Trajin_Multi.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajIOarray.h TrajectoryIO.h Trajin.h Trajin_Multi.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Trajin_Single.o : Trajin_Single.cpp ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h Topology.h TrajFrameCounter.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h Trajin.h Trajin_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +TrajoutList.o : TrajoutList.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajoutList.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +Trajout_Single.o : Trajout_Single.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajStdio.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h MaskToken.h Matrix_3x3.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h StringRoutines.h SymbolExporting.h Topology.h TrajectoryFile.h TrajectoryIO.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h Vec3.o : Vec3.cpp Constants.h CpptrajStdio.h Vec3.h -ViewRst.o : ViewRst.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ViewRst.h -main.o : main.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomExtra.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h Cpptraj.h CpptrajFile.h CpptrajState.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h +ViewRst.o : ViewRst.cpp ActionFrameCounter.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h CpptrajFile.h CpptrajStdio.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h OutputTrajCommon.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h ParmFile.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajectoryFile.h Trajout_Single.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h ViewRst.h +main.o : main.cpp Action.h ActionList.h ActionState.h Analysis.h AnalysisList.h AnalysisState.h ArgList.h AssociatedData.h Atom.h AtomMask.h AtomType.h BaseIOtype.h Box.h Constants.h CoordinateInfo.h Cpptraj.h CpptrajFile.h CpptrajState.h DataFile.h DataFileList.h DataSet.h DataSetList.h DataSet_Coords.h DataSet_Coords_REF.h Dimension.h DispatchObject.h EnsembleIn.h EnsembleOutList.h FileIO.h FileName.h FileTypes.h Frame.h FramePtrArray.h InputTrajCommon.h MaskToken.h Matrix_3x3.h MetaData.h Molecule.h NameType.h Parallel.h ParameterHolders.h ParameterSet.h ParameterTypes.h Range.h ReferenceFrame.h ReplicaDimArray.h ReplicaInfo.h Residue.h Segment.h SymbolExporting.h TextFormat.h Timer.h Topology.h TrajFrameCounter.h Trajin.h TrajinList.h TrajoutList.h TypeNameHolder.h Unit.h Vec3.h molsurf.o : molsurf.c molsurf.h vmdplugin/dtrplugin.o : vmdplugin/dtrplugin.cpp vmdplugin/../ByteRoutines.h vmdplugin/dtrplugin.hxx vmdplugin/vmddir.h diff --git a/test/Test_Strip/RunTest.sh b/test/Test_Strip/RunTest.sh index c443ced665..3152afd7f7 100755 --- a/test/Test_Strip/RunTest.sh +++ b/test/Test_Strip/RunTest.sh @@ -4,7 +4,7 @@ # Clean CleanFiles dummy.rst7 dummy.pdb.1 strip.in *.tz2.truncoct.parm7 Complex.crd \ - Receptor.crd Ligand.crd res1.tz2.crd + Receptor.crd Ligand.crd res1.tz2.crd strip.pdb.chignolin.parm7 INPUT="-i strip.in" # NOTE: strip is also tested in Test_Center @@ -75,6 +75,20 @@ EOF RunCpptraj "Multi frame strip command test." DoTest res1.tz2.crd.save res1.tz2.crd fi + +# Check that stripping topology with PDB info works +UNITNAME='Strip topology with PDB info' +CheckFor maxthreads 1 +if [ $? -eq 0 ] ; then + cat > strip.in <