Script-in-Bio

一些基因组分析中用到的脚本

当然，02.Gene_flow 02.Pop_Genome 03.selection_signature 06.CNV 07.RNA部分才是精华

条件有限，可惜可惜

绘图等的脚本可以找另一个目录 Rscript-to-anaylise-and-visualize

理论知识等，可以在Genome-analysis找到

Name		Name	Last commit message	Last commit date
Latest commit History 846 Commits
01.SnpCalling		01.SnpCalling
01.分析前过滤		01.分析前过滤
02.Gene_flow		02.Gene_flow
02.Pop_Genome		02.Pop_Genome
03.selection_signature		03.selection_signature
04.Annoation		04.Annoation
05.Genome_Diversity		05.Genome_Diversity
06.CNV		06.CNV
07.RNA		07.RNA
circos绘制基因组圈图		circos绘制基因组圈图
区间取交集		区间取交集
换染色体号		换染色体号
CalAlleleFreqFromVcf.py		CalAlleleFreqFromVcf.py
CalBoxOutlier.py		CalBoxOutlier.py
CalPCA.py		CalPCA.py
GetChrFaFromRefGenome.py		GetChrFaFromRefGenome.py
README.md		README.md
TreatQTLdbfile.py		TreatQTLdbfile.py
Vcf2heatmapFile.py		Vcf2heatmapFile.py
fasta2phy.py		fasta2phy.py
github-recovery-codes.txt		github-recovery-codes.txt
pcAngsdCov2eigenvec.py		pcAngsdCov2eigenvec.py
soft_bcftools.md		soft_bcftools.md
soft_bedtools.md		soft_bedtools.md
soft_plink.md		soft_plink.md
soft_samtools.md		soft_samtools.md
soft_vcftools.md		soft_vcftools.md
tools_awk.md		tools_awk.md
关于基因组中基因结构注释不全.pdf		关于基因组中基因结构注释不全.pdf
提取区间内SNP位点信息.txt		提取区间内SNP位点信息.txt
群体历史推断方法-陈华.pdf		群体历史推断方法-陈华.pdf

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