Skip to content

ikramanop/aligner

Repository files navigation

Aligner: Библиотека для вычисления выравниваний символьных последовательностей 🧪 💻 🧬

Выполнена в качестве дипломного проекта в бакалавриате кафедры 22 НИЯУ МИФИ.

Разработчик: Лев Мардер

Состав

Aligner-core

Пакет для вычисления выравниваний. Включает в себя типы данных для представления биологических символов (белков и нуклиотидов), функции для вычисления локальных и глобальных выравниваний, а также эвристические алгоритмы для поиска выравниваний без заранее заданных матриц.

Aligner-web

Веб-составлящая Aligner. Здесь находится api и воркеры для работы с системой для поиска подобий без заранее заданных матриц.

Aligner-utils

Вспомогательные функции для работы с матрицами и файлами.

Сборка

Исполняемые файлы проекта могут быть собраны с использованием cargo

cargo build --release --bin bin_name

Docker-образ для aligner-cli может быть собран с помощью команды make build-cli-docker.

Использование

Для утилит можно использовать --help чтобы увидеть существующие параметры и их функционал.

About

Tools for pairwise sequence alignment

Topics

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

 
 
 

Contributors

Languages