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這是我在倫敦衛生與熱帶醫學院 (LSHTM) 攻讀醫學統計學碩士課程時的學習筆記，以中文撰寫，部分術語保留英文原文。全書使用 bookdown 編譯，包含大量 R 程式碼、LaTeX 數學推導和實際數據分析範例。
不定時更新。如果看到有錯，歡迎在 GitHub 上提 Issue 指出糾正。
全書共 16 章，涵蓋 191 個 Rmd 源文件，渲染為 149 頁 HTML：
| 章節 | 主題 | 關鍵詞 |
|---|---|---|
| 01 | 概率論 Probability | 條件概率、貝葉斯定理、分布 |
| 02 | 統計推斷 Inference | 假設檢驗、信賴區間、似然函數 |
| 03 | 統計分析方法 Analytical Techniques | t 檢驗、ANOVA、卡方檢驗 |
| 04 | 線性迴歸 Linear Regression | OLS、殘差診斷、交互作用 |
| 05 | 臨床實驗 Clinical Trials | 隨機化、盲法、樣本量計算、ANCOVA |
| 06 | 穩健統計方法 Robust Statistics | Bootstrap、置換檢驗 |
| 08 | 貝葉斯統計入門 Intro to Bayesian | 先驗/後驗、brms、MCMC |
| 09 | 廣義線性迴歸 GLM | Logistic、Poisson、偏差 |
| 10 | 等級線性迴歸 Hierarchical Models | 隨機效應、混合模型、lme4 |
| 11 | 生存分析 Survival Analysis | Kaplan-Meier、Cox 迴歸 |
| 12 | 貝葉斯統計學 Bayesian Statistics | JAGS、Gibbs、Metropolis |
| 13 | 非參數貝葉斯 Bayesian Nonparametric | Dirichlet Process |
| 16 | 因果推斷 Causal Inference | DAG、IV、傾向分數、DiD |
| 29-SME | 流行病學統計方法 | 混雜、效應修飾 |
| 29-RWE | 真實世界數據 Real World Data | RWD、觀察性研究 |
| 29-HTA | 成本效益分析 HTA Modelling | Markov 模型、QALY |
2026 年 4 月對本書進行了系統性的現代化改造：
- rethinking → brms：將 Richard McElreath《Statistical Rethinking》相關章節（Ch08, Ch12, Ch13）從
rethinking套件全面遷移至brms，解決了 R 4.5 下rethinking無法安裝的問題 - 兼容性 shim：在
R/global_setup.R中集中管理dens()、precis()、coeftab()等函數的 brms 兼容實現，確保舊程式碼無需逐一修改 - R 程式碼修復：修復了數十個因 R 版本升級導致的棄用警告和錯誤（
size=→linewidth=、aes_string()→aes()等） - 全書重新渲染：完成 4 輪完整渲染（P1–P4），解決了 Bayesian/Survival/GLM 章節的各類編譯問題
- 排列置換法筆記 (Ch06 Session03)：充實血壓臨床試驗排列置換範例、可置換性定義、單側/雙側 p 值計算、Monte Carlo 誤差、連續變量排列、Spearman 精確排列檢驗、保守檢驗定義 (2026-04-30)
- 排列置換法實作 (Ch06 Practical03)：甲狀腺素數據的 t 統計量/均值差/秩次排列置換檢驗、精確 WMW 檢驗、頭痛數據 Pearson/Spearman 相關排列檢驗、五種方法 p 值比較總結 (2026-04-30)
- 基於秩次的非參數檢驗 (Ch06 Session02)：充實符號檢驗中位數信賴區間、Wilcoxon 正態近似均值與方差推導、配對數據應用、Kendall τ 相關係數、95.5% ARE 詳細說明；修復 ggplot2
linewidth棄用警告 (2026-04-30) - 秩次檢驗實作 (Ch06 Practical02)：符號檢驗 (GHQ 數據)、Wilcoxon 符號秩和檢驗與 CI 反轉、Spearman vs Pearson 相關係數的離群值比較、WMW 檢驗 (甲狀腺數據) (2026-04-30)
- 章節結構重組 (Ch06)：將排列置換法從 Session02 獨立為 Session03、自助重抽法移至 Session04、新增 Session05 佔位 (Sandwich Estimator) (2026-04-30)
- 穩健統計方法導論 (Ch06 Session01)：涵蓋穩健方法的定義與目標，以血糖、甲狀腺素、淋巴球數據為例探討偏態與離群值問題，複習抽樣分布/假設檢驗/信賴區間，討論 t 檢驗假設與殘差分析 (2026-04-29)
- 穩健統計方法實作 (Ch06 Practical01)：偏態數據的 CI 計算與圖形診斷、離群值對相關分析的影響、檢定-信賴區間等價性的數值驗證、Monte Carlo 模擬比較三種情境下的覆蓋率 (2026-04-29)
- 基線調整與 ANCOVA (Ch05 Session11)：比較 POST/CHANGE/ANCOVA 三種分析方法的統計性質，涵蓋條件偏倚、回歸到均值、精確度公式推導、Lord's Paradox，並附詳細計算步驟 (2026-04-19)
- 血壓臨床試驗 ANCOVA 實作 (Ch05 Practical11)：將 Stata 實作完整轉換為 R，包含描述統計、散佈圖、相關矩陣、三種方法比較、假設檢驗與 CHANGE+基線=ANCOVA 的數學證明 (2026-04-19)
- 臨床實驗基本原則 (Ch05 Session01)：涵蓋隨機化、盲法、假手術對照 (SYMPLICITY)、試驗分期、解釋型 vs 務實型實驗等核心概念 (2026-04-18)
- HRT 與冠心病實作 (Ch05 Practical01)：比較 Grodstein 觀察性研究與 WHI 隨機對照試驗的結論差異，探討混雜、選擇偏差與盲法問題 (2026-04-18)
- GitHub Pages 部署：
docs/目錄直接託管，推送即部署 - Obsidian 知識庫同步：
lshtm-sync腳本自動將 Rmd → Markdown，同步至 Obsidian vault 並生成章節索引 - Claude Skill 整合：全書內容作為
lshtm-medical-statisticsskill 可被 AI 助手直接檢索和引用
# 安裝依賴
source("install_deps.R")
# 編譯全書
bookdown::render_book("index.Rmd", "bookdown::gitbook")需要 R ≥ 4.5、Stata 18（部分章節）、JAGS 4.x（貝葉斯章節）。
- LSHTM 各科講師提供的講義與教材
- Richard McElreath 的 Statistical Rethinking 教科書與開源課程材料（第八章 Sessions 06–16 的學習筆記基於此書，程式碼已從
rethinking遷移至brms） - GitHub Copilot (Claude) 協助完成 2026 年現代化改造，包括 rethinking → brms 遷移、全書渲染調試、部分章節撰寫、lshtm-sync 工具開發等
本書以 CC BY-NC-SA 4.0 授權釋出。課程原始教材的版權歸 LSHTM 及各講師所有，本授權僅適用於作者的原創評論、翻譯、程式碼和補充內容。